Mima er træt af sin status som sukkersødt popidol. Hun stopper sangkarrieren og starter som skuespiller i en barsk kriminalserie. Hendes uskyldige image krakelerer mere og mere ekstremt (bl.a. via nøgenbilleder i bladene og gruppevoldtægt i tv-serien!), og hendes liv forvandles til et paranoiahelvede, hvor hun konstant befinder sig i grænselandet mellem fantasi og virkelighed. Efterhånden hjemsøges hun både af sit eget hadefulde popidol alter ego og en sindsforvirret fan, samtidig med at flere personer i hendes omgangskreds brutalt myrdes. Historien er så raffineret konstrueret, at man tror, det er løgn, men hold øjne og ører åbne - ellers...
Et sælsomt syn møder drengen Pazu, da den jævnaldrende Sheeta langsomt daler ned fra himlen med en magisk amulet om halsen. Det viser sig, at både Pazu og Sheeta drømmer om at finde Laputa, det svævende slot. Den forældreløse Sheeta håber at finde sandheden om sin familie på Laputa, men regeringens agenter og en gruppe pirater er også på jagt efter det sagnomspundne slot.
Pigen Anna, der bliver sendt ud på landet, så hun kan komme til hægterne. Her møder hun den blonde ensomme pige Marnie, der deler sine følelser med Anna – og senere også et tragisk mysterium, der sætter dybe spor i Annas personlighed.
Section 9 får hænderne fulde da "The laughing man", en berygtet cyber terrorist som har holdt lav profil i de sidste 6 år pludselig dukker op igen. Aramaki tror at politiet hovedmistænkte er en lokkedue, og han beordrer derfor sine folk til at undersøge sagen nærmere. Major Motoko Kusanagi er grundet "The Laughing mans" seneste trussel, imidlertid på en opgave for at beskytte politiets general direktør ved en presse konference. Dette bliver begyndelsen på Section 9's mange møder med "The Laughing man". I mellemtiden har de fået til opgave at pågribe en udenlandsk revolutionær og samtidig sætte en stopper for det der ligner en organ smugler ring. Majoren og Section 9 er stærkt besluttet på at få disse kriminelle pågrebet!
De eventyr eksploderer i aktion med debut af Mewtwo, en bio-manipuleret Pokemon skabt ud fra DNA Mew, den sjældneste af alle Pokemon. Fast besluttet på at bevise sin overlegenhed, Mewtwo lokker Ash, Pikachu og andre til en Pokémon kamp som ingen før. Mewtwo vs Mew. Super-kloner vs Pokemon. Det er den ultimative opgør ... med den meget verdens fremtid på spil!
Efter at have takket ja til en invitation fra en mystisk træner møder Ash, Misty og Brock Mewtwo – en kunstigt fremstillet Pokémon, der ønsker at komme i kamp.