１９４２年、ソロモン諸島。アメリカ軍は日本軍の駐留するガダルカナル島を、太平洋戦争の重要な拠点と見なしその占拠を図った。ウィット二等兵（ジム・カヴィーゼル）やウェルシュ曹長（ショーン・ペン）をはじめとするアメリカ陸軍Ｃ中隊の面々も作戦に参加、彼らを乗せた上陸用舟艇は美しい南洋の孤島に次々と上陸していく。だが一歩ジャングルの奥に足を踏み入れると、そこは紛うことなき戦場であった……。

1943年、ロシア戦線。ソ連軍との戦闘が激化し、撤退を余儀なくされていくドイツ軍の小隊長シュナイター伍長は、勲章を手に入れることしか興味のない無能な指揮官のシュトランスキー大尉を嫌悪していた。2人の関係が険悪になっていくなか、シュトランスキーは勲章を得るため、シュナイターの部隊を策略にかける。

1980年、ハワイ沖を航行する原子力攻撃空母ニミッツは突如、奇妙な竜巻の襲来を受けたために真珠湾へ引き返そうとするが、そのまま呑み込まれてしまう。嵐は収まったものの、随伴していた駆逐艦が行方不明で無線にどこからも応答がないなどの異常な事態を認識した艦長は、両舷に緊急警戒態勢を発令すると共に、真珠湾への偵察機を発進させる。ニミッツに近づく飛行機をレーダーによって発見し、調査のためにF-14トムキャットを発進させるが、その飛行機はなんと零戦であった。