Tercera i última entrega de les aventures de l'agent Jason Bourne, que continua investigant qui és i què hi ha realment al darrere d'un programa secret de la CIA. Un periodista britànic del 'Guardian' li ofereix una nova pista a través d'un home anomenat Blackbriar. Bourne el troba a Londres i mirarà d'encaixar les últimes peces del seu passat, que tant li costa de recuperar.
El passat de Jason Bourne torna per ell. A la segona entrega de la saga de tres pel·lícules basades en la vida de Jason Bourne, un exagent de la CIA que perd la memòria i mentre lluita per recuperar-la i aconseguir saber qui és en realitat, es veu involucrat en una xarxa d'espionatge i manipulació de governs per part dels Estats Units on serà perseguit per assassins professionals, mercenaris paramilitars, i excompanys de la CIA. La pel·lícula comença a Goa, Índia, on Jason i Marie se n'han anat a viure per amagar-se de Treadstone, però allà un antic agent de la companyia els localitza i persegueix. Jason Bourne comença la seva aventura per descobrir el seu passat recordant-ne part, i perseguint l'agent, que a més s'està fent passar per ell.
Durant la Segona Guerra Mundial, una agent secreta ha de seduir i després assassinar un funcionari que treballa per al govern titella japonès a Xangai. La seva missió s’enterboleix quan es s’enamora de l'home que té l’encàrrec de matar.
El secretari de Defensa David Brice (Gene Hackman) mata el seu amant en un rampell de fúria. Per encobrir l'escàndol, el seu fidel ajudant (Will Patton) fa que les sospites recaiguin sobre un espia rus, i per trobar-lo recluta el comandant de marina Tom Farrell (Kevin Costner). A mesura que la investigació avança, Farrell descobreix horroritzat que totes les pistes l'inculpen directament a ell i que la seva vida corre perill.
El 1980, el recent assassinat del president Park deixa la República de Corea en una situació delicada. Corea del Nord ho veu com una oportunitat, i envia un dels seus espies al país veí.
Jonathan Hemlock és un professor d'art que havia estat agent secret anys enrere. Ara l'obliguen a una última missió: assassinar un perillós criminal rus. Aquesta feina el porta fins als Alps suïssos, on perseguirà el seu objectiu fins al cim d'una muntanya.
Burt Reynolds recupera el seu personatge de Gator després de "White Lightning" (els traficants). En aquesta ocasió investiga la responsabilitat d'un alt càrrec polític al recent esclat del crim a la ciutat. Debut com a director cinematogràfic de Reynolds.