Als de 17 jaar oude Makoto Konno de gave heeft om, vrij letterlijk, terug in de tijd te "lopen", begint ze meteen op school cijfers te verbeteren en persoonlijke misstappen recht te zetten. Ze komt er echter snel achter dat het verleden veranderen niet zo makkelijk is als het lijkt.
Het is 1930. Het is de tijd van lucht-piraten, premiejagers en allerlei ander soort piloten. De sluwste en beste van alle piloten is Porco Rosso. Porco Rosso is een man met het hoofd van een varken. Hij verdient zijn brood door middel van baantjes zoals mensen redden van piraten.
Iedere persoon heeft zijn of haar eigen kleine wereld. Onder de 34 leerlingen van klas 2-1, zijn er veel van dergelijke werelden. Honjou Akio wereld - mijn wereld - is gevuld met passioneel praten over de gisteravond uitgezonden anime met Yoshida, Watanabe, en andere vrienden. Het is een leuke, comfortabele plek ... Maar, ik vraag me altijd iets af. Wat is er gaande in de wereld van Makina Juri, altijd glimlachen en omgeven door prachtige vrienden aan de andere kant van de klas. Op een dag, treed ik haar wereld binnen. Maar het is niet zo eenvoudig als het klinkt.
Het weesjongetje Kotaro en zijn hondje worden opgejaagd door een bataljon Chinese Ming-soldaten. Maar ook de moorddadige samoerai van de Japanse Akaike-clan zijn naar hem op zoek. Het blijkt dat het joch, zonder het te weten, de sleutel is tot het eeuwige leven. Om die onsterfelijkheid te verkrijgen bestrijden de Ming en de Akaike elkaar. Kotaro heeft vriendschap gesloten met de langharige ex-ronin, die ze 'No Name' noemen. Vanwege een traumatische gebeurtenis in het verleden heeft hij zijn zwaard verzegeld en afstand gedaan van zijn naam. Toch is hij het die Kotaro te hulp schiet.
Lupin en Jigen hebben hun zinnen gezet op een schat genaamd de Kleine Komeet, die zich in het zwaar versterkte land van Oost-Doroa bevindt. Tijdens de overval wordt Jigen bijna gedood door een sluipschutter genaamd Yael Okuzaki. Zijn specialiteit is het voorbereiden van grafstenen voor zijn doelwitten voordat ze worden geëxecuteerd. Er wordt gezegd dat niemand kan overleven nadat Yael hun grafsteen heeft gemaakt.
De mensheid op Aarde is vernietigd door de bionoids en de mensen op de Macross zijn de enige overgebleven mensen. Ze worden door de bionoids achtervolgd. Deze bionoids zelf zijn ook in oorlog met elkaar. Later ontdekken de mensen een prehistorische stad, waar ze een lied zullen vinden dat de mensheid zou kunnen redden....
Officier Deunan Knute en zijn cyborg-partner Briaros Hecatonchires krijgen de opdracht om de Olympus City Computer te beschermen tegen een terroristische aanval. Bij een eventuele aanslag op de computer zou namelijk de hele stad platgelegd kunnen worden en zou er massale chaos kunnen ontstaan.
Als gevolg van een oorlog, die de helft van de mensheid heeft gedood, staat de stad Olympus als een toren van hoop in een wereld vol chaos en conflicten. Deze utopie wordt geregeerd door Gaia en geholpen door genetisch gemaakte humanoids beter bekend als Bioriods. Deunan en Briareos zijn lid van de E.S.W.A.T., een speciale elite eenheid in Olympus die wordt ingezet wanneer er problemen zijn in de stad. Hun partnerschap wordt getest wanneer er een Biorod genaamd Tereus aan hun team wordt toegevoegd. Deze Biorod is gemaakt van het DNA van Briareos en bezit daardoor ook zijn eigenschappen. Tegelijk wordt Olympus in het geheim aangevallen door een groep wetenschappers die hun eigen versie van vrede op Aarde willen doorvoeren.
Makoto Nakazono is een middelbare schoolstudent met een donker geheim. Sinds hij klein was, heeft hij de mysterieuze kracht gehad om "zwarte entiteiten" te zien die zielen stelen. Op een dag wordt hij plotseling ondervraagd door een van de "zwarte entiteiten", Akira Seno die hem vraagt: 'Ga je ons in de weg staan?' Maar Makoto antwoordt: 'Er is niets dat ik toch kan doen, dus ik zal je niet in de weg staan.' Op dat moment merkt Makoto niet de dreigende schaduw die zijn jeugdvriend Hazuki nadert ...