A en Shaggy, l'Scooby-Doo i el petit Scrappy els espera una terrorífica aventura quan van a visitar les terres que en Shaggy ha heretat del seu oncle. S'hi trobaran una mansió embruixada amb un esgarrifós criat geperut, uns inquilins fantasmagòrics, i una fortuna en joies de la família amagades en algun lloc a la finca! Aterrits, l'Scooby i en Shaggy contracten els serveis dels Germans Boo - en Freako, l'Shreako i en Meeko -, un curiós equip d'exterminadors de fantasmes. Però seran l'Scooby, l'Scrappy i en Shaggy els que acabaran sent perseguits per tota la finca, a través de portes trampa i túnels secrets. Els enxamparan?

Després d'un atac traïdor, l'agent del Servei Secret Mike Banning és acusat d'intentar assassinar el President Trumbull. Perseguit pels seus propis col·legues i per l'FBI, Banning comença una carrera contrarellotge per netejar-ne el nom.