デス・スター壊滅の痛手から復活した帝国軍の前に、今や雪の惑星ホスで機会をうかがうしかない反乱軍。総攻撃を前にホスを脱出したレイアやハン・ソロたちは雲の惑星ベスピンへと旅立つが、ひとりルークはフォースの訓練を積むために伝説の＜ジェダイ・マスター＞ヨーダの住む惑星ダゴバへと向かった。ベスピンのクラウド・シティでソロの友人ランド・カルリシアン男爵の歓待を受けるレイアたち。だがそれはダース・ベイダーの仕組んだ罠だった。

十番街に現れた謎の青年フィオレによって、衛が宇宙へと連れ去られてしまった。彼を助け出すため、うさぎたちはセーラーテレポートで、フィオレのいる小惑星に向かう。宇宙で最も危険な生物“キセニアンの花”にとりつかれてしまったフィオレは邪悪な力を使い、衛のために地球人を滅ぼそうとする。うさぎは衛を救うことができるのか…。

地球外知的生命体の存在を研究している天文学者エリーは、ある夜、未知の電波をキャッチする。それはヴェガ星からのものであり、地球上の映像と謎の設計図が納められていることが判明。それはヴェガ星への輸送機関であった。急ピッチで基地が建造されるが、エリーはパイロットの選考から洩れてしまう。だがテロリストによってヴェガへの発進基地は無残にも破壊されてしまう。

無人惑星セティ・アルファ・Ｖに、残虐非道なカーンが幽閉されていた。カーンはある理由から、ＵＳＳエンタープライズ号のカーク船長を恨み続けていた。そんな時、この星にＵＳＳリライアント号の乗組員ふたりがやってきた。彼らを捕らえたカーンは、カークの恋人だったキャロルが無から生命を生み出すという“ジェネシス計画”を立てていることを知り、この計画の乗っ取りとカークの抹殺をもくろむ。

主人公ジョニー・リコは、高校卒業後地球連邦軍に入隊して宇宙戦艦のパイロットを志望するカルメン・イバネスに憧れ、両親の反対を押し切って軍に入隊。優秀なカルメンは艦隊アカデミーへ、超能力者の友人・カールは情報部へ配属されるが、リコは機動歩兵隊へ配属され、訓練キャンプでしごかれる日々を送る。訓練中、自らの判断ミスにより同期一人を殉職させる事故を起こしたことで、一旦は軍隊をあきらめようとしたリコだったが、奇襲攻撃で故郷ブエノスアイレスが壊滅したため機動歩兵に復帰し、宇宙での戦いに加わる。

20XX年、乗客5000人を乗せた豪華宇宙船アヴァロン号が、新たなる居住地を目指して地球を旅立ち、目的地の惑星に到着するまでの120年の間、乗客たちは冬眠装置で眠り続けていた。しかし、エンジニアのジムと作家のオーロラだけが予定よりも90年近く早く目覚めてしまう。絶望的で孤独な状況下で生き残る方法を模索するうちに、2人は惹かれ合っていく。

地球への衝突コースを取る小惑星が発見された。もしも、テキサス州の大きさにも匹敵するその小惑星が地球に激突すれば、人類の破滅は免れない。これを回避する方法はただひとつ、小惑星内部に核爆弾を設置し、内側から破壊するしかない。そしてその任務に選ばれたのは石油採掘のスペシャリストたちだった。刻々と迫る滅亡へのカウントダウンの中、人類の運命を委ねられた14人の男たちは小惑星へと飛び立った！

巨大隕石の衝突で地表が果てしない荒野と化した白亜紀の地球。イグアノドンのアラダー、キツネザルのプリオら生き残った恐竜や動物たちは、どこか生存に適した場所を求めて旅を続け、同じように移動していた草食恐竜の群れと出会う。その群れは、どこかにあるという伝説の楽園“生命の大地”を目指していた。一団に合流したアラダーたちだが、やがて彼らは、弱者を容赦なく切り捨てるリーダーのクローンのやり方に反発を覚える。

巨大クレーターが観光名所の米南西部の砂漠の街アステロイド・シティ。科学賞の栄誉に輝いた5人の天才的な子供たちの授賞式の最中に宇宙人が到来する事件が発生。軍は宇宙人出現の事実を隠蔽しようとするが、子供たちは外部へ情報を伝えようと企てて……。

ドクター・イーブルの世界征服計画は、まだまだ健在だった。隕石を地球に誘導する「プレパレーションH」計画を進めるイーブルだが、オースティンによってあえなく計画は阻止される。ところが、イーブルの差し金で、オースティンのパパスパイ、ナイジェルが謎の悪党ゴールドメンバーにより1975年へ連れ去られてしまう。早速自分もタイムスリップしたオースティンは、パートナーのフォクシーと共にナイジェルを探し出し、ゴールドメンバーの正体を暴き出す。