شخصی تاج پادشاه نپتون را دزدیده است و کسی هم به طور مشخص نمی‌داند که این فرد کیست. اما به نظر می‌رسد که کار آقای کراب باشد. آقای کراب رئیس باب اسفنجی داستان ماست. بنابراین داستان به گونه‌ای پیش می‌رود که همه فکر می‌کنند آقای کراب متهم اصلی داستان است. از طرفی آقای کراب حاضر است بمیرد اما به ترفیعی که همیشه منتظر آن بوده و حتی در رؤیاهایش به آن فکر می‌کرده برسد. باب اسفنجی هم برای کمک به رئیسش همه کار می‌کند. دوست باب اسفنجی به نام پاتریک مأمور می‌شود که به شهر صدفی رفته و اگر می‌تواند تاج پادشاه را دوباره بازسازی کند و با این کار زندگی آقای کراب را نجات دهد و…
یک پروفسور به اتفاق چند نفر دیگر به دنبال یک کاشف از طریق یک آتش فشان به مرکز زمین سفر می کنن...
در این قسمت، میلو و کیدا دوباره با دوستانشان متحد می‌شوند تا پرده از اسرار شهر اسرار‌آمیز آتلانتیس بردارند…