都立ツツジ台高校。 放課後の教室で、響裕太はグリッドマンをノートに何度も描いては消していた。 かつてこの世界はひとりの少女によって作られ、壊された。 その少女の心を救ったのは、異次元からやってきたハイパーエージェント・グリッドマンと、彼女が作った心を持った怪獣、そして裕太たちであった。 平和になった世界で過ごす彼らの日常は、轟音と共に崩れ始める。

ある日冬樹のもとに届いた、ケロロそっくりの奇妙な石像。その謎を解き明かすためにケロロと冬樹の大冒険が始まる! 舞台は、神秘に満ちた絶海の孤島イースター島。そこに駆けつけたケロロ小隊と仲間たちの前に現れたのは、愉快な精霊マナ、不思議な双子イオとラナ、そして永い眠りから復活した、恐るべき伝説の邪霊アクアク。果たして石像の正体は? そして驚きの“究極の戦士 (ケロロ)”とは…? シリーズ最大･最凶の敵と大激突!! どうなる、ケロロ小隊!?

西暦2059年、第25次超長距離移民船団「マクロス・フロンティア」は、新たなる世界を求めて銀河を巡航していた。そんな折、未知の敵バジュラと出くわした彼らは戦闘態勢に突入する。その陣頭に立っていたS.M.Sスカル小隊隊長のオズマ・リーはある日バジュラとも異なる見たことのない生命体と出会い、ある船団の記録映像を手渡される。