1964, een Rooms-Katholieke school in de Bronx. Zuster Aloysius (Meryl Streep) komt in een lastige situatie. Er zijn redenen om priester Flynn (Philip Seymour Hoffman) te verdenken van onzedelijk gedrag. Moet ze de priester, die haar meerdere is, confronteren met deze vermoedens?
Korte film: De jonge Martín doorstaat met tegenzin de hete zomer in Madrid met zijn ouders, portiers van een gebouw in het centrum van de stad waar ze wonen. Op een dag arriveert Julia, een actrice die een paar dagen in het leegstaande appartement van een vriend komt doorbrengen, bij het blok. Bepaalde gebeurtenissen, zoals de behandeling van de planten waar Martín voor zorgt of het optreden als zeemeermin op televisie, maken de jongen ervan overtuigd dat Julia bovennatuurlijke krachten heeft.