2022年にアメリカ西海岸で大規模な停電が起きたのをきっかけに世界は食物供給が混乱するなど危機的状況を迎える。2025年、科学者ウォレスが遺伝子組み換え食品を開発し、人類の危機を救う。そして、元捜査官デッカードが突然行方をくらませて以来30年の月日が流れた2049年には、レプリカント（人造人間）の寿命に制限がなくなっていた。

海辺の田舎町に暮らす中学2年生の小梅は、憧れの三崎先輩に手ひどいふられ方をして自棄になり、同級生の磯辺と衝動的に初体験を済ませる。その後も体の関係を繰り返す2人は、ただの友達には戻れない恋人同士でもない、曖昧で奇妙な付き合いを続けていたが…。

三島一八率いるGコーポレーションから、中国拳法の達人で女子高生のリン・シャオユウに、ある仕事の依頼がくる。京都の学校へ潜入し、神谷真という男を調べるミッションを受けたシャオユウだったがうまくいかず、そうこうするうちに真が何者かに誘拐されてしまう。シャオユウはさらに真を追おうとするが、三島財閥の陰謀に阻まれる。

かつて“堂島の龍”と恐れられた極道の桐生が、10年の刑期を終えて古巣の神室町に戻って来る。そんな彼の前に犬を連れた母親を探す少女遥が現れ、彼は行きがかり上彼女の母親捜しに付き合うことになる。だが桐生が出所したことを知った兄貴分の真島は、しつこく彼を追い回して対決を挑む。