2 oktober 1988, een gewone dag in het leven van de verwarde 16-jarige Donnie Darko. Dan valt er vanuit het niets een vliegtuigmotor door het dak van z'n huis, recht in Donnie's kamer.

Korte film: In het jaar 2050 maken de Filippijnen zich voor de komst van de felste storm ooit om het land te raken. En terwijl de wind en wateren beginnen te woede, worden dichters vermoord.

In de nabije toekomst is het normale leven op aarde gedecimeerd. Paul en zijn twee zonen, Thomas en Joseph, hebben een halfwaardetijd geleefd: overdag rust en 's nachts kwelling. Elke nacht, nadat de zon ondergaat, worden ze geconfronteerd met de meedogenloze aanvallen van een mysterieus en gewelddadig kwaad. Op een dag, als Thomas niet voor zonsondergang naar huis terugkeert, moet Paul de veiligheid van hun versterkte boerderij verlaten om hem te zoeken. Er volgt een nachtmerrieachtige strijd die de familie dwingt een wanhopig plan uit te voeren om te overleven.