젊고 유능한 에디 제섭 교수(윌리엄 허트)는 환각성 마약과 고립상태를 이용하여 인간의 진화의 비밀을 밝히려는 연구를 한다. 심지어 자신을 기니어 피그(실험도구)로 사용하는데, 한 사람이 들어가서 누울 수 있는 정도의 공간으로 된 곳에서, 몸이 살짝 잠길 수 있는 정도의 물을 채우고는 들어가 눕는다. 들어가 누울 때 그는 자신의 뇌파와 심박동 등을 체크할 수 있게끔 몸 여기저기에 전극 같은 것을 부착한다. 처음에는 약품을 이용한 가벼운 환상체험 실험이었는데 점차 그 강도가 올라가게 된 것이다. 동료들의 걱정에도 불구하고 계속 실험을 하는데 기괴한 현상이 벌어지기 시작한다. 환상 속에서 그는 인류로 진화되기 전의 직립원인이 되기도 하고, 턱이 튀어나오고 인간으로서는 믿을 수 없는 놀라운 괴력을 보이기도 하며, 야수의 본능을 갖게 된 나머지 밤에 이웃의 동물원에 침입해 영양을 잡아먹기도 한다. 그러고 깨어난 후 자신이 벌거벗은 채 연구실에 널브러져 있고 온몸이 동물의 피로 범벅이 된 것을 보고 충격을 받는다. 처음에는 자신이 밤에 한 행동이 환상인 줄 알았는데 그것이 실제 벌어진 것이라는 걸 알면서 그는 혼란에 빠진다.

1939년, 공군의 테스트 파일럿트 대니얼 맥코믹은 세상에 부러울게 거의 없었다. 그에게는 최신형 폭격기 B-25가 있었고, 둘도 없는 친구인 핀리가 있었으며, 어릴 때부터 사귀어온 사랑하는 애인 헬렌도 있었다. 그러나 대니얼이 고민하는 단 한가지 문제는 애인에게 결혼하자는 소리를 꺼내지 못하는 것이었다. 그 얘기만 하면 갑자기 목이 굳어지고 혀가 뻣뻣해져서 딴소리만 하는 꼴이 되고, 그저 매일 "내일은 꼭 해야지"하는 한심한 상황이다. 그러나 비극적인 사고가 헬렌과 함께 바로 그 '내일' 빼앗아 가버렸고, 대니얼은 할 말을 못한 채 혼자 세상에 남았다. 슬픔에 잠긴 대니얼은 더 이상 견디지 못하고 친구가 비밀리에 실시하는 냉동 인간 실험에 참가한다. 대니얼이 깨어난 것은 50년이 지난 1992년이었고, 대니얼은 완전히 낯선 세상에 깨어난다. 이 생소한 세상에서 대니얼에게 관심을 보이는 것은 아버지 없는 어린 소년과 소년의 어머니뿐이었다. 대니얼은 다시 한번 사랑의 기회를 얻는데...

짓궂고 괴팍한 로렌조라는 고양이에 관한 이야기. 어느 날 갑자기 로렌조의 꼬리에 마법이 걸리게 되자 제어가 불가능해진다.

허버트 웨스트 박사는 저 유명한 '미스케토닉 대학 사건'으로 인해 교도a소에 14년째 복역중이다. 미스케토닉 사건이란 죽은 장기를 살려내려는 실험을 하다가 만들어낸 기괴한 괴물들로 인해 벌어진 참사. 하지만 박사로서는 과학 실험을 하다 보면 생길 수도 있는 부수적인 결과일 뿐, 반성의 여지는 찾아볼 수 없다. 사회의 나머지 인간들이야말로 멍청하고 위선적인 바보들일 뿐이라는 허버트 웨스트 박사. 웨스트 박사의 '리에이전트' 세럼은, 죽은 자의 뇌 속에 주입할 경우 장기를 살아나게는 하지만 결코 진짜 살아난 것이라고 보기 힘든 엉망진창인 상태로 만들어버리는 성질의 약물이다. 죽은 자들에게 '진짜 생명'을 주기 위해, 박사는 이제 몇 가지 질서와 방향을 부여해야 한다. 그는 이 생명 에너지를 찾아헤매던 중 스스로 NPE 즉, 나노플라스믹 에너지라고 부르는 것을 발견하게 된다. 폭력적이고 잔인한 교도소장 카브레라와 무식하고 성가신 간수, 그리고 죄수들과 '신선한' 시체라고는 덫으로 잡을 수 밖에 없는 쥐나 바퀴벌레가 전부인 교도소. 박사와 같은 과학자에게 썩 이상적인 환경은 아니지만 그는 연구의 완성을 위해 최선을 다하는 중이다. 그러던 어느 날 교도소에 새로운 젊은 의사가 자원해서 부임하는데, 그의 순진해보이는 얼굴 이면에는 다른 동기가 있다. 바로 웨스트 박사를 만나 그의 연구에 대해 알아내려는 것. 그는 어린 시절 미스케토닉 참사의 희생자 중 하나였던 누나의 죽음을 직접 목격했고, 그녀의 죽음을 막지 못했던 괴로움이 이후 그의 인생을 사로잡았다. 게다가 어린 시절 발견했던 웨스트 박사의 '리에이전트' 세럼을 간직하고 있었는데....

전편에서 인체 전송을 연구하다 파리와 합성되어 버린 과학자 세스 브런들이 여기자 린다에게 임신시켰던 아이가 파리의 유충같은 번데기에 싸여 탄생한다. 린다는 출산 직후 사망하고 번데기에서 나온 아기 마틴은 바톡이라는 사람이 경영하는 유전공학 업체(Bartok Industries)의 연구실에서 키워진다. 마틴은 몸 속의 돌연변이 유전자의 영향으로 매우 빠르게 성장하여 다섯살 때 이미 성인의 모습이 된다. 지능지수도 상상을 초월하여 정도로 높아, 그가 다섯살이 되는 날, 바톡은 그를 인체 전송연구 책임자로 임자로 임명한다. 자신의 출생의 비밀을 모르는채, 아버지가 아무에게도 알려주지 않고 가버린 인체전송 프로그램의 운용법을 연구하기 시작한 마틴은, 회사의 신입사원으로 야간근무를 하는 베스라는 여직원을 알게되어 사랑에 빠진다. 그러던 어느날 베스의 초대로 회사내 표본 부서의 파티에 참석했다가 표본우리에 갇혀있는 괴물로 변한 개를 목격하는데, 그 개는 마틴이 어렸을 때 귀여워 했으며, 당시 우연히 목격한 전송실험중에 괴물로 변하는 것을 보고 충격을 받아야 했던 바로 그 개다. 마틴은 표본우리에 몰래 들어가 눈물을 흘리며 개를 안락사 시키고 바톡에게는 모르는 일이라며 거짓말한다. 아무튼 전송 프로그램의 비밀을 풀어 유기체의 완벽한 전송에 성공한 마틴은 자기만이 그 프로그램 화일을 열 수 있도록 패스워드를 심어놓고, 다른 사람이 틀린 패스워드를 넣을 경우 프로그램이 모두 파괴되도록 부비트랩까지 설치해 놓는다. 잠복성이었던 염색체들이 활동을 개시하면서 파리로 변해가는 과정이 시작되자 치료방법을 알기 위해 전송프로그램을 연구한 끝에, 전송장치 속에 정상인과 돌연변이 DNA와 바꿔치기 하는 방법밖에 없다는 해답을 얻는다. 마틴은 자신이 잔인한 실험의 대상임과 함께 풀 수 없었던 전송장치의 비밀을 자신을 통해 풀려했던 비인간적인 과학자의 흑심에 대한 복수가 시작된다.