På grund af radioaktiv stråling muterer fire unge skildpadder, så deres intelligens og størrelse får en ordentlig vitaminindsprøjtning. De tre gutter bor i kloaksystemet under New York, hvor de hyggesnakker og spiser pizza. Under den muterede rotte Splinters kyndige vejledning øver padderne sig kung fu. Det bliver der god brug for, da skurken Shredder kommer på banen!
En gang hårfjerning på benene, godt med læbestift og en ladt pistol. FBI-agen Gracie Hart går undercover som en håbefuld aspirant til titlen som den næste Miss USA, men Gracie er ikke just skabt til skønhedskonkurrencer. Sandra Bukllock spiller med stor udstråling i "Agent Catwalk" og viser sit store komiske talent i rollen som agenten, der giver den som skønhedsdronning for at få ram på en terrorist, der har udset sig skønhedskonkurrencen som mål. Michael Caine spiller på glimrende vis den frustrerede konsulent, som er hyret til at fovandle den barske FBI-agent til en ophøjet skønhed. Og Benjamin Bratt, Candice Bergen, William Shatner og Ernie Hudson scorer også point på morskabskontoen i denne store biograf-succes. Masser af grin og raffineret sarkasme. Et rent hit!
Ved et tilfælde bliver April sendt tilbage i tiden til det 17. århundredes Japan. De tre ninjapadder sætter straks efter hende. I det gamle Japan må de 4 gutter overvinde en række samuraier anført af den lede Lord Norinaga inden de kan vende tilbage til kloakkerne under nutidens New York.