西暦2015年。人類を襲う謎の兵器「使徒」に対抗するため、汎用人型決戦兵器エヴァンゲリオンを完成させた特務機関ネルフは、14歳の少年少女達をパイロットにエヴァを実戦投入する。しかしその後ろでは同時に「人類補完計画」が進行していた。
この世の何も信じることが出来ず荒れ果てた生活を送っていた今日子は、 教育実習生として赴任してきた本田勝也と出会う。 慇懃無礼でクセの強い勝也に翻弄され、次第に惹かれていく。 ところが、不良仲間との間で起きた事件をきっかけに親から勘当を言い渡されてしまう。 今まで散々好き勝手やってきた罰だ。 そう思う今日子の前に、勝也が現れて……。