伝説の黄金郷エル・ドラドへの地図を手に入れたサギ師トゥリオとミゲール。憧れの地にたどり着くが、計画通りに事は運ばない...。

クリスマスの贈物としてジム夫妻のお屋敷にやってきたレディは、ご主人夫妻にかわいがられて幸せに育ちます。ある日、庭にふらっとやってきたのが自由を愛する野良イヌ、トランプでした。気さくで頼もしいトランプにひかれていくレディですが、夫妻が旅に出たことから、トラブルに巻き込まれてしまいます。

アクション・スター、ジャック・スレイターの大ファンである少年が、魔法のチケットを手に映画を観ていると、突然スクリーンの中にトリップ。憧れのヒーローとともに悪党を追う大冒険が始まる。

ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。