Seorang pekerja kantoran rendahan yang bekerja untuk MI7, Johnny English tiba-tiba dipromosikan menjadi mata-mata super setelah Agen Satu dibunuh dan semua agen lainnya diledakkan di pemakamannya. Ketika seorang pengusaha miliarder mensponsori pameran Permata Mahkota—dan permata berharga itu lenyap pada malam pembukaan dan saat English bertugas—agen yang baru ditunjuk itu harus segera bertindak untuk menemukan pencuri dan mendapatkan kembali permata yang hilang.
Cortez bersaudara pergi ke suatu pulau misterius bersama tim agen anak saingan demi menyelamatkan dunia dari seorang ilmuwan serta makhluk-makhluk hasil modifikasinya.