Sunset Shimmer, de hoofdredacteur van het jaarboek op school, is ineens uit de hereinneringen van haar beste vriendinnen gewist en zoekt een manier om dit te herstellen.

Een jonge cowboy wordt bij een rodeo met een bijna fataal ongeval geconfronteerd. Hij wordt van zijn paard afgeworpen en loopt daarbij ernstig hoofdletsel op. Hij woont bij zijn vader en zijn zus en ervaart dat de revalidatie moeizaam verloopt.

Niets doet Mika meer plezier dan tijd doorbrengen met haar geliefde hengst Ostwind. Daarom is ze des te gelukkiger dat de zomervakantie er weer aankomt, zodat ze zich opnieuw de klok rond kan bezig houden met het dier. Maar ze schrikt hevig wanneer ze wonden ontdekt aan de buik van Ostwind.

Via een magische spiegel reist Twilight Sparkle naar een alternatief universum om een ​​kroon terug te vinden die is gestolen uit het Crystal Empire. Bij haar aankomst is ze geschokt als ze hoort dat ze in een mens is veranderd.

Een nieuwe duistere kracht bedreigt Ponyville. De zes pony's Sparkle, Applejack, Rainbow Dash, Pinkie Pie, Fluttershy en Rarity gaan op een onvergetelijk reis voorbij Equestria. Daar ontmoeten ze nieuwe vrienden en staan ze voor spannende uitdagingen.

Een sheriff moet het salaris van alle sheriffs uit de streek vervoeren, maar wordt helaas beroofd door een slimme bandiet. De schurk steelt niet alleen het salarisgeld, maar ook het losgeld waarmee een door Indianen gestolen heilige pony moet worden teruggekocht.