Alkymisten er en navnløs figur der samler en gruppe forskellige mennesker som skal repræsentere planeterne i solsystemet. Målet er at få menneskerne til at smide deres jordiske baggage igennem en række mystiske ritualer. Derefter skal de rejse til det hellige bjerg for at vælte guderne der styrer universet.

Fra vikingernes oplevelser med fluesvampen til de sydamerikanske indianers oplevelse med kokaplanten. Siden tidernes morgen har mennesket eksperimenteret med sind og sjæl, og da den unge fysiolog Dr. Jessop under en rejse til Mexico finder en meskalinholdig svamp, starter han et frygtindgydende forsøg med sig selv. En dag forvandler en af hans forsøg ham til et slags abemenneske, og kun hans kone, antropologen Emily, kan redde ham.