2029年、この25年間で新たなミュータントは生まれておらず、彼らの存在は絶滅の危機に瀕している。かつて「ウルヴァリン」の名で知られていたローガンことジェームズ・ハウレットはテキサス州で運転手として働き、メキシコ国境の向かい側に位置する放棄された製錬工場でキャリバンやチャールズ・エグゼビアと共に暮らしていた。ある日、ローガンはガブリエラ・ロペスから、ローラという名の11歳の少女をノースダコタ州にある「エデン」まで送り届けて欲しいという依頼を受ける。

世界で一冊だけ残る本を運び、30年間旅をしている男イーライ（デンゼル・ワシントン）。本に触れる者をためらわずに誰でも殺すイーライだが、彼は旅の目的地を知らず、「西へ向かう」という手掛かりだけを頼りに歩き続けている。そんな中、彼の前に、本を探し続ける独裁者カーネギー（ゲイリー・オールドマン）が現れ……。

歴史の連続性が途絶えるほどの未来、世界はその姿を大きく変えていた。 それはどこまでも続く巨大な廃墟の世界。 海や大地は姿を消し、過去の風景は廃墟から発掘される『記録』の中にのみ存在していた。 記録を発掘 ・復元し、そこから過去の世界を分析する。 これらの作業を一手に引き受ける施設『記録発掘局』。 この世界で92番目に設立された発掘局に、ウラはいた。彼はあらゆる記録に、過去の世界に埋没していた。 彼を遠くから見守る距離に、いつもリコがいた。彼女は記録に背を向けていた。 この世界のあらゆる人間は知っていた。 過去を知ることは、この現実の不幸を知ることだと。 ある時ウラは、奇妙な映像記録を復元する。

デジタル業界のカリスマ、ケヴィン・フリンが謎の失踪を遂げてから20年たったある日、27歳に成長した息子サムに父ケヴィンからのメッセージが届く。サムは、父ケヴィンの消息を追って父のオフィスに足を踏み入れるが、そこには衝撃的な真実が待ち受けていた。

最終戦争後のシカゴ。人間たちを5つの派閥に分けることで秩序を保っていた社会はクーデターにより崩壊した。“無派閥”のリーダー、イブリンや元“平和”のリーダー、ジョアンナの権力争いでシカゴに不穏な空気が立ちこめる中、街の外に希望を見出すトリスや恋人フォーらは、多大な犠牲を払いながらも街を囲む高い壁を越えて脱走する。最終戦争で荒廃した大地を進むトリスたちは、やがて追撃者たちに追い詰められる。

太陽風の増加が原因で砂漠化が進み、人類存亡が迫りつつある2044年。人間に代わる労働力としてオートマタと呼ばれる人工知能搭載ロボットが人々の生活に浸透していた。さらに、生命体に危害を加えない、自身で修理・改善しないというルールが製造時に組み込まれており、人間との共存に支障が出ないシステムが確立されていた。そんな中、オートマタ管理者ジャックは彼らが自発的に修理を行っていたのを知って驚く。その首謀者と目的を探る彼だが、思わぬ事実に突き当たる。