En Conan, els seus amics i la Ran es troben resolent un cas a Londres (Anglaterra) al segle XIX, és a dir, als temps de Sherlock Holmes, i en el marc de la reaparició d'un assassí en sèrie britànic: Jack l'esbudellador. Això és possible perquè en realitat la trama del llargmetratge es desenvolupa dins del millor joc de realitat virtual que es coneix al món (anomenat Cocoon), en el qual juguen 50 nens i nenes i han de triar entre 5 escenaris possibles. El misteri espera a en Conan i als altres, els que volen escapar-se del joc resolent els desafiaments que se'ls presenten, ja que si no ho aconsegueixen, el joc podria donar-se per acabat amb ells quedant-se allà per sempre. Han d'atrapar a l'assassí en sèrie sense ser vistos per la policia.

La Sakura guanya un viatge a Hong Kong amb totes les despeses pagades. Acompanyada d'en Kero, la Tomoyo, en Tôya i en Yukito, allà coneixerà la família d'en Shaoran. Tot i així, en Kero comença a dubtar que la Sakura guanyés el premi per un simple cop de sort. Aviat s'adonaran que hi ha algú molt poderós darrere de tot plegat.

En Tib, un gat negre, guia la Mary fins a una estranya flor enmig del bosc. Poc després, la Mary troba una petita escombra, i se sorprèn en veure que és màgica. Abans que pugui gairebé adonar-se'n, l'escombra la fa volar per damunt dels arbres i dels núvols, i va a parar a la universitat d'Endor, una universitat de bruixes especialitzada en el control de la màgia. Després d'una visita guiada per la universitat, descobreix que hi fan tota mena d'experiments i acaba optant per escapar-ne i no tornar-hi mai més. Però això no acabarà així, ja que les bruixes volen recuperar la flor...