Het weesjongetje Kotaro en zijn hondje worden opgejaagd door een bataljon Chinese Ming-soldaten. Maar ook de moorddadige samoerai van de Japanse Akaike-clan zijn naar hem op zoek. Het blijkt dat het joch, zonder het te weten, de sleutel is tot het eeuwige leven. Om die onsterfelijkheid te verkrijgen bestrijden de Ming en de Akaike elkaar. Kotaro heeft vriendschap gesloten met de langharige ex-ronin, die ze 'No Name' noemen. Vanwege een traumatische gebeurtenis in het verleden heeft hij zijn zwaard verzegeld en afstand gedaan van zijn naam. Toch is hij het die Kotaro te hulp schiet.
Als het lichaam van zijn vader uit zijn graf gestolen wordt, voelt Afro Samurai zich verplicht om het zwaard weer op te pakken. Hij wil wraak nemen op een horde dodelijke vijanden die aangevoerd worden door een slimme en sadistische leider.