のどかで平和な田舎町に、どこからともなくゾンビが出現。その日暮らしのある家族がゾンビを恐れることもなく、思わぬ目的に利用しようとするのだが...。

美しい高原の街「グリーンフィールド」に住む少女ミーはアンノーンの研究をしている父親のシュリーと共に暮らしていた。ある日、遺跡の調査をしていたシュリーがアンノーンの空間に閉じ込められてしまい、行方不明となった。父親が残した奇妙なカードをミーが並び替えた時、「アンノーン」達が出現し、彼女の感情を感じ取り、エンテイを生み出した。声や雰囲気から父親がエンテイになって帰ってきたと思い、ミーは喜んだ。 一方、サトシたちも旅の途中でトレーナーのリンとのポケモンバトルを繰り広げ、ジョウト地方で女性が行きたい場所No.1の「グリーンフィールド」を訪れていた。突如グリーンフィールドがクリスタルで囲まれたことに困惑するサトシ達。シェリーや娘のミーが気掛かりになったオーキド博士とハナコも現場に向かい、サトシと再会した。その様子を見ていたミーは自分もママが欲しいとエンテイに願うと彼女の願いを叶えるため、ハナコを連れ去ってしまう。グリーンフィールドの結晶化が進む中、ミーはサトシ達に両親が帰ってきたから来ないようにメールが来る。それに疑問に思う一同であったがサトシはハナコを救うため、カスミやピカチュウ達と共にグリーンフィールドの中心に出来た結晶塔へ向かう。

リトル家の一員として迎えられた子ねずみスチュアート。だが、一家には新たな娘マーサが生まれ、パパやママも赤ちゃんにかかりきり。スチュアートが寂しい思いを感じるある日、彼は通学の途中、空から落ちてきた小鳥のマーガロを助ける。彼女はNYの空に君臨するタカのファルコンに襲われたという。傷ついたマーガロを家に連れ帰り、つきっきりで看病するスチュアート。やがて彼はマーガロに種族を越えた恋心を抱き始める。

おませなトーキング・ベイビー、マイキーとジュリーの兄弟もいまやわんぱくざかりに成長。パパのジェームズもパイロットとして再就職が決まり、楽しいクリスマスを過ごせると思いきや、ひょんなことからノラ犬と血統書付きのプードルを引き取るはめに。２人の子供たちと２匹の犬が入り乱れて、狭いアパートはてんやわんやの大騒ぎ。おまけにパパが雇い主の美人社長に誘惑されそうで、ママはやきもちで爆発寸前！

エディ・マーフィ扮するおデブな大学教授が騒動を巻き起こすコメディの続編。特殊メイクとCG技術によって、前人未到の1人9役に挑戦したエディがあっぱれ。“若返りの薬”を発明したクランプ教授の心に、眠っていた怪物バディ・ラブが復活する。