アーケードゲームの世界に住む優しい悪役のラルフと親友の天才レーサー・ヴァネロペは、レースゲーム「シュガー・ラッシュ」が故障し廃棄処分の危機にあることを知り、部品を調達するためインターネットの世界に飛び込む。見るもの全てが新鮮で刺激的な世界に夢中になるヴァネロペと、早くもとの世界に帰りたいラルフは少しずつすれ違っていく。

ニューヨークのセントラルパーク動物園。ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、キリンのメルマン、カバのグロリアは大の仲良し。彼らは安全で快適な動物園の贅沢な暮らしをすっかり満喫していた。しかしある日、外の世界に憧れたマーティがテロリストのペンギンたちと一緒に動物園を脱走、マーティを連れ戻そうと後を追ったアレックスたちともども捕らえられ、ひょんなことから四頭はケニア行きの船に乗せられてしまう。さらに思わぬハプニングで海に投げ出された彼らは、やがてマダガスカル島に漂着。そこで現地の動物たちに迎えられ、生まれて初めて野生の生活に触れた四頭は、次第にそれぞれ本来の習性に目覚めていくのだった。

閑古鳥が鳴く、宇宙のアミューズメント・パーク。集客のため、バッグス・バニーら地球の人気アニメキャラたち、“ルーニー・テューンズ”を誘拐して見せ物にしようと計画する。バッグスたちがパークから派遣された怪物“ナードラックス”に、バスケの試合の勝敗で彼らに同行するかどうか決めると持ちかけると、それは承諾され、バッグスはバスケ界を引退したばかりの大物ジョーダンに助っ人役を頼む。そして運命の大試合を迎える。

ニューヨーク。人気キャスターのエイプリルは、謎の犯罪組織の正体を探ろうとして逆に襲われてしまう。彼女の危機を救ったのは、人間大のカメ4兄弟、ラファエロ、レオナルド、ミケランジェロ、ドナテロ。薬品ミュータンジェンの力で人間同等の知能と姿を持った彼らは、同じくミュータント化したネズミの師匠スプリンターから忍者として育てられていた。4兄弟“ミュータント・タートルズ”はエイプリルとともに組織に立ち向かう。

シュレッダーが率いる犯罪組織を倒したが、住居である下水道を失ってしまったミュータント化したカメのチーム“タートルズ”と彼らの師匠のネズミであるスプリンターは、友人になったTVリポーター・エイプリルの家に間借りさせてもらう。そんなエイプリルが化学廃棄物の処理について疑念を抱いた大企業から、シュレッダーたちは廃棄物を盗み出す。やがて“タートルズ”は、新たに生まれた怪物たちなどシュレッダーの一味と戦う。

ニューヨーク。正義のカメたち、“タートルズ”の友人であるTVリポーターのエイプリルは、ある骨董品店で買った日本の笏（しゃく）の不思議な力で1603年の日本にタイムスリップし、そこで魔女と見なされて投獄されてしまう。直後、現代のニューヨークに現われた侍・謙信からそんな非常事態を知らされた“タートルズ”はエイプリルを救うべく、時空を越えて1603年の日本に飛んで彼女を捜すが、混乱に巻き込まれてしまう。