ベストセラーミステリー小説をデヴィッド・フィンチャー監督が映画化。社会派ジャーナリストと天才的な資料収集能力を持つ女が手を組み、40年前の少女失踪事件に隠されたある財閥一族の血塗られた歴史を紐解いていく。

7人の若者を乗せたヨットが、嵐のため無人島に漂着した。その島を探索した結果、彼らより先に、一艘の難破船が漂着していたことが判明する。だが乗員の姿はどこにもなく、ただあたりは奇妙な形状のキノコが群生しているのみだった。やがて食料の残りが少なくなり、彼らは恐る恐るそのキノコを食し始める。そしてそのキノコを口にした者は、人間の姿を失い、奇怪なキノコ・マタンゴへと変身していくのだった……。原作はホジスンの「闇の声」。

ごく普通の高校生らしい毎日を送っていたネイサン（テイラー・ロートナー）は、ひょんなことから誘拐されたまま消息を断った子どもたちの情報サイトに、13年前の自分の写真が載っているのを発見する。謎や疑念に支配されていくうちに、周囲の人間が何者かによって消されていき、ネイサンも狙われるように。それまでの日常と人生が仕組まれたものであることに気付いた彼は、想像を絶する逃避行を繰り広げながら、すべての謎を解き明かそうとする。潜在的な戦闘能力を発揮し、追手や刺客を倒していく過程で、ある暗号の存在に行き着くが……。