前作から数年後、大戦が世界各地で勃発し文明は衰退し世界は貧困と荒廃が進んでいた。復讐を遂げたものの虚無感に囚われ荒野を目的もなく走り続けるマックス。ある日捕らえた男ジャイロキャプテンより今も稼動し続けガソリンが取り放題の石油精製所があると聞かされる。しかしそこにはガソリンを独占しようとするヒューマンガス率いる暴走族集団と精製所に立てこもる市民が日々攻防戦を繰り返していた。　なんとか精製所にもぐりこんだマックス。中の市民は豊富なガソリンを持って脱出をしたいがガソリンタンクを牽引する車を持って来ればガソリンを好きなだけ渡すという取引を行う。群がる凶悪暴走族の中、マックスは一人で突破を試みるが・・

ロバート・ネビルは優れた科学者だが、彼でさえ、その恐ろしいウイルスを食い止めるすべを知らなかった。それは誰にも封じることができず、治すこともかなわず、しかも、人間が作り出したウイルスだった。なぜか免疫があったネビルは、荒れ果てたニューヨークで――あるいは世界で――ただ１人生き残っている。この３年間、彼は毎日几帳面に無線でメッセージを流し続け、必死にほかの生存者を捜してきた。だが、確かに彼は"１人"ではなかった。ウイルスに侵され、変異した人間たちが闇に潜み、彼を見つめていたのだ。ネビルを駆りたてているのは唯一残った使命、それは、彼自身の免疫のある血液を使ってウイルスの影響を改善する方法を見つけること。しかし、彼には圧倒的多数の敵が迫り、時間は刻々となくなっていく...。

1969年、ニューヨーク上空に珍しいオーロラが出現した日、消防士フランクは救助を終え、妻ジュリアと6歳の息子ジョンの待つ家へと戻ってきた。親子3人の生活は幸福な輝きで満たされていた。ちょうどその日のオーロラのように。だが、その2日後、フランクは殉職する。息子ジョンは深い哀しみに暮れる。それから30年。再びニューヨークにオーロラが出現した日、ジョンはふと父が愛用していた無線機を見つける。そしてそこから男の声が聞こえてくる……。まるでそれは父と話しているようだった。

世界中に産業革命の波が押し寄せ、近世から近代に移り変わろうとした頃、突如として不死の怪物が現れた。後にカバネと呼ばれる事になるそれらは、甲鉄の皮膜に覆われた心臓を持ち、噛んだ者までもカバネにしてしまう。カバネは爆発的に増殖し、全世界を覆いつくしていった。極東の島国である日ノ本で、分厚い装甲に覆われた蒸気機関車、通称・駿城の一つ、甲鉄城に乗り込んだ生駒たちは、熾烈な戦いを潜り抜け、カバネと人の新たな攻防戦の地、日本海に面する廃坑駅「海門」に辿りついた。生駒たちは、同じくカバネから「海門」を奪取せんとする、玄路、虎落、海門の民と「連合軍」を結成し、カバネ撃退の策を立てるのだが、「海門」の地にはある〝秘密〟が隠されているのだった-。

ある日、ハーバードヴィル空港へ降り立ったクレアは、利用客達の中に1人のゾンビを発見した。そのゾンビに噛まれ次々と感染者が増大し空港は大パニックとなる。一方、空港へ向かって飛行中の旅客機内でも感染者が発生し、緊急着陸を試みるも失敗して空港ロビーへ激突してしまう。まもなく、壊れた機体からは乗員や乗客が次々と姿を現すが、彼らは皆ゾンビ化していた。この事態によってクレアは、居合わせたデイビスや知人の姪のラーニー達と共に、空港の一室へ立てこもることとなる。

世界大戦後の廃墟で生き延びていた女性兵士デュナンは、人類への奉仕者として肉体・感情を制御されたクローン人間バイオロイドの管理する理想都市オリュンポスに連行され、そこで全身サイボーグ化していた恋人ブリアレオスと再会する。彼の所属する元老院ESWATの一員となったデュナンは、やがてバイオロイドの開発とオリュンポス計画に自分の両親が関わっていた事実を知り、自身もバイオロイドの軛を解き放つ鍵「アップルシード」をめぐる陰謀に巻き込まれていく。

舞台は再開発の波が押し寄せる1980年代のニューヨークの東8番街（現在の慣用的な邦訳では、東8丁目）。アパートの住人のフランクらは、立ち退き問題に疲れ果てていた。その夜、空から、命を持ったUFOのような生命体が現れ、アパートの住人を守ろうとする。

荒野を彷徨い続けるマックスは、航空機を操る謎の親子連れに乗り物や装備を奪われる。 徒歩でたどり着いた“バータータウン”は、物々交換で成り立つ街だった。街の支配者であるアウンティに腕前を買われたマックスは、自分の持ち物を取り戻すべく、全ての問題を解決するために設けられたステージ“サンダードーム”にて、街の裏の支配者であるマスター・ブラスターと戦うことになる。

細菌兵器の使用によって荒廃した世界。自ら開発した血清によってただ一人生き残った科学者は、奇怪な亡者と化した人類と闘い続ける……。リチャード・マシスンのSF『地球最後の男（I Am Legend）』の二度目の映画化作品

５０年続いた大戦に勝利した大亜細亜聯邦共和國。ところが、その繁栄の裏側では様々な病気が人類を脅かしていた。そんな中、重い病に苦しむ妻・ミドリの為に、人間のあらゆる部位を自在に造り出す“新造細胞”理論を提唱していた東博士は、軍部の援助により本格的に研究を開始するが、実験場から新生命体“新造人間”が誕生。大多数は軍によって始末されるも、生き延びたブライキング・ボスら数名の新造人間たちは、生きる為に容易に戦いの道を選んでしまう人類の世界を破壊しようと、攻撃を仕掛けて来た。再びの戦火。それを収めるべく立ち上がったのは、先の大戦で戦死し、新造細胞によって蘇生した東博士の息子・鉄也だった。