シュレックは他の人からは怖がられている怪物である。その外見とは裏腹に本質は心の優しい彼は、人里離れた沼地で一人気楽に暮らしていた。ある日、シュレックは森の中でお調子者でおしゃべりなロバのドンキーと出会う。シュレックに怯えて逃げた兵達を見てシュレックが自分を救ってくれたと思い込み嫌がるシュレックについて行く。ドンキーのおしゃべりにうんざりしたシュレックが戻ってみると、彼の沼地には妖精やおとぎ話の主人公達が押し寄せてきていた。

近松門左衛門の悲恋の傑作「冥途の飛脚」に登場する人形に語り部としての役割を持たせ、３つの純愛ストーリーを微妙に交わらせながら紡ぎだす北野武の意欲作。松本（西島）は社長令嬢との結婚のために捨てた恋人の佐和子（菅野）が自殺未遂したことを知る。しかし、駆けつけた彼が目にしたのは、全ての記憶をなくした彼女の姿だった…。ほかに老境にさしかかったヤクザ（三橋）と彼をひたすら待ち続ける女（松原）、事故で片目を失ったアイドル（深田）と彼女を慕い続ける青年（武重勉）の悲恋を描く。山本耀司の斬新な衣装も話題を呼んだ。

旅の末、フィオナの呪いを解き、無事に結婚したシュレックとフィオナ。幸せな日々を送っていたが、ある日フィオナの両親から、結婚の祝いを行うので来る様にとの手紙が届く。嫌われるに決まっていると最初は渋っていたシュレックだが、同じく結婚したドラゴンと近頃気まずいというドンキーと共に仕方なくフィオナの故郷「遙か彼方の王国」に旅立ち、到着するもシュレックの予想通り、シュレックや怪物姿のフィオナを見た両親はびっくりし、怪物という偏見と考えが合わないことでシュレックと国王は喧嘩をしてしまう。

シュレックとフィオナは、沼のほとりの小屋には戻らず、遠い遠い王国で蛙の姿に戻り、病に伏せるハロルド国王の代理として騎士叙任や新造船の進水式、パーティへの出席に明け暮れる。面倒で慣れない行事に苦戦し、うんざりしていたシュレックだったが、フィオナの父であるハロルド国王の症状が悪化し、逝去してしまう。王位は自分に相応しくないと思ったシュレックは、ハロルド国王が言い残したもう一人の王位継承者、フィオナの従兄弟のアーサーを連れてくるべく、ドンキーとドラゴンの子供達や妊娠したフィオナに見送られ、ドンキーや長靴をはいた猫と旅に出る。

ウィスコンシンの大学で学ぶ真面目な女子学生が恋に落ちたのは、ちょっと偉そうだけれどチャーミングなクラスメイト。実は彼が、お忍びで留学してきたデンマークの王子様だったなんて!

ジェレミット、キャサリン、メイス、シンデルの親子は母星を離れ宇宙船で飛行中、エンドアという星に不時着。そのうえジェレミットとキャサリンは森でゴラックスという怪物に捕らえられてしまう。あとには幼い兄妹メイスとシンデルが残されるが、幸いエンドアの住人であるイウォークに救われ命拾い。心優しく聡明なイウォークたちは2人に食料や薬を与え、両親がゴラックスに捕らえられた事実まで探り出す。両親の危機を知り、何としても救いに行きたいメイスとシンデル。イウォークたちもその熱意に打たれ危険を承知で同行を決意する。