Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
Μετά την ανακάλυψη στη Σελήνη ενός μυστήριου, μαύρου μονόλιθου, που ίσως κρύβει πολλές απαντήσεις γύρω από την καταγωγή της ανθρωπότητας, ξεκινά ένα ταξίδι αναζήτησης προς το άγνωστο, ένα διαστημικό ταξίδι στον πλανήτη Δία. Αρχηγός της ομάδας, που συγκροτείται, είναι ο Ντέιβ, καθοδηγούμενος από έναν ηλεκτρονικό υπολογιστή τεχνητής νοημοσύνης, τον ΧΑΛ. Όμως ο ΧΑΛ, που ρυθμίζει τις λειτουργίες του σκάφους, θα παρουσιάσει ξαφνικά παράξενες διαταραχές και θα στραφεί ενάντια στους ίδιους τους κοσμοναύτες.
Η Γη έχει ερημώσει, καθώς οι περισσότεροι κάτοικοι έχουν αναζητήσει καλύτερη τύχη στις διαστημικές αποικίες. Ο Rick Deckard ανήκει σε μια ελίτ αστυνομική ομάδα, τους Blade Runners, που έχουν σαν αποστολή να "αποσύρουν" τέλεια ανθρωποειδή ρομπότ, όταν αυτά επιστρέφουν στην Γη.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Ένα άγνωστο νεφέλωμα κατευθύνεται προς τη Γη, καταστρέφοντας τα πάντα στο πέρασμά του. Ο κάπτεν Κερκ και το πλήρωμα του Εντερπράιζ αναλαμβάνουν να ερευνήσουν εάν πίσω από το συγκεκριμένο φαινόμενο κρύβεται κάποια οντότητα, και να αποκαταστήσουν την τάξη στο Γαλαξία.
Δέκα χρόνια έχουν περάσει από τότε που ο Τζον Κόνορ απέτρεψε τη «Μέρα της Κρίσης». Οι μηχανές δεν φαίνεται να μπορούν να τον εντοπίσουν, ως τη στιγμή που, από τα σκοτάδια του μέλλοντος θα ξεπηδήσει η Τ-Χ, η πιο εξελιγμένη φονική Μηχανή. Μοναδική ελπίδα όλων είναι ο Τ-800, ο μυστηριώδης Εξολοθρευτής, που θα αναλάβει να προστατεύσει τον Τζον, ενώ η Εξέγερση των Μηχανών είναι έτοιμη να ξεσπάσει
Ο Νόρμαν, ένας ταξιδιώτης του χρόνου και η Τεχνητής Νοημοσύνης φίλη του παγιδεύονται στο παρελθόν βάζοντας σε κίνδυνο τη ζωή τόσο στο παρελθόν όσο και στο μέλλον Τώρα πρέπει σύντομα να βρει έναν τρόπο να γυρίσει πίσω στο μέλλον, πριν ο κόσμος καταρρεύσει