Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
Βρισκόμαστε στο 2029, τα όρια μεταξύ της εικονικής πραγματικότητας και του υπαρκτού κόσμου σιγά σιγά χάνονται. Η τεχνητή νοημοσύνη (Artificial Intelligence) γίνεται όλο και πιο περίτεχνη και πραγματική καθώς εξελίσσεται συνεχώς. Οι περισσότεροι άνθρωποι ήδη έχουν λειτουργικά προσαρμοσμένα στον εγκέφαλο τους, επιτρέποντας τους να επικοινωνούν με τους υπολογιστές και να μαθαίνουν από αυτούς. Τους κάνει όμως και ευάλωτους στην εκμετάλλευση. Η ψυχή ενός ανθρώπου είναι κοινώς γνωστή ως “Ghost” σε αυτή τη δημιουργία του Shirow. Χάκερς ικανοί να εισβάλουν στην ψυχή ή ghost ενός ανθρώπου είναι οι πιο ικανοί και οι πιο επικίνδυνοι και αντιμετωπίζονται σκληρά αν συλληφθούν από το σύστημα.
Ένας νεαρός ταλαντούχος προγραμματιστής επιλέγεται από έναν δισεκατομμυριούχο επιχειρηματία-εφευρέτη να γίνει ο αποκλειστικός μάρτυρας ενός πρωτοποριακού πειράματος. Απομονωμένος μαζί του σε ένα μυστικό εργαστήριο, πρέπει να αξιολογήσει την Έιβα, ένα θηλυκό ρομπότ με τεχνητή νοημοσύνη.
Ο Κέντζι, ένα λυκειόπαιδο και μαθηματική ιδιοφυΐα που δουλεύει τα καλοκαίρια ως τεχνικός μερικής απασχόλησης για τον ψηφιακό κόσμο του Οζ (φανταστείτε κάτι σαν το facebook, αλλά δεκαετίες μπροστά), δέχεται μια πρόσκληση από το πιο δημοφιλές κορίτσι του σχολείου του για μια δουλειά στο τεράστιο σπίτι της οικογένειάς της. Όμως, στη διάρκεια των διακοπών τους, ένας χάκερ παραβιάζει το σύστημα του Οζ και το παίρνει υπό τον έλεγχό του δημιουργώντας πολλά προβλήματα στον κόσμο. Θα καταφέρουν άραγε ο Κέντζι και η παρέα του να σταματήσουν τον καταστροφέα;
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.