Jojo Rabbit és un nen vivint en plena 2a Guerra Mundial. La seva única via d'escapament és el seu amic imaginari, una versió de Hitler ètnicament incorrecta que incita els cecs ideals patriòtics del nen. Tot això canvia quan descobreix que la seva mare Rosie està amagant una jove jueva al seu àtic.

Amb l'ajuda d'un grup de presoners espanyols que lideren l'organització clandestina del camp de concentració de Mauthausen, Francesc Boix, un pres que treballa en el laboratori fotogràfic del camp, arrisca la seva vida en planejar l'evasió d'uns negatius que demostraran al món les atrocitats comeses pels nazis en l'infern del camp de concentració austríac. Milers de fotografies que mostren des de dins tota la crueltat d'un sistema. Les fotografies que Boix i els seus companys aconsegueixen salvar serviran per condemnar alts càrrecs nazis durant el judici de Nuremberg de 1946, on Boix participa com a testimoni clau.

Alemanya, 1945. La guerra ha acabat. Un grup de nens es proposa travessar el devastat país per reunir-se amb la seva àvia. La Lore, la gran, es queda a càrrec dels seus quatre germans quan els seus pares, membres de les SS, són capturats per les tropes aliades. Tots junts emprendran un viatge que els mostrarà la realitat i les conseqüències de les accions dels seus pares. Però quan coneix a l'enigmàtic i carismàtic Thomas, un jove refugiat jueu...