Thomas vågner op og er fanget i en kæmpe labyrint med en gruppe andre drenge. Han kan ikke huske noget om, hvem eller hvor han er, bortset fra at han har nogle underlige drømme om en mystisk organisation, der måske står bag hans placering i labyrinten. Nu må Thomas sammensætte minder fra sin fortid og ledetråde fra labyrinten for at finde frem til, hvem han er - og hvordan han slipper væk. Da han trodser drengegruppens selvudnævnte leder og forsøger at slippe ud af den farlige labyrint, opstår en magtkamp mellem drengene. Vil han slippe væk med livet i behold?

Thomas og hans gruppe af undslupne sætter alt ind på at finde en kur mod den frygtelige sygdom, som forvandler mennesker til zombie-lignende væsner. Derfor forsøger de at bryde ind i 'Last City'. Men for at komme ind i den, skal de igennem den farligste labyrint, de nogensinde har stået over for. Vil det lykkes dem at komme levende ind i byen - og vil de endelig få svar på de spørgsmål som har fulgt dem, siden de vågnede op inde i den første labyrint?