狼たちの生き残りを討つため、猟師の見習いである少女ロビンは父親とアイルランドへ。しかし、1人の自由奔放な少女との出逢いが、彼女の世界を大きく変えることに。その少女は夜な夜な狼に姿を変えると言い伝えられた不思議な部族の子供だった…。

ピンクパレスアパートに引っ越してきた少女コラライン。しかし、両親は多忙な仕事で、構ってもらえず、友人も出来ない退屈で孤独な日々を送っていた。そんなある日コララインは、壁に封印された小さなドアを見つけた。ドアを開けて中に入ると、そこは目がボタンの"別の両親"が住むどんな願いも叶う夢の世界だった。コララインは、この世界をすっかり気に入るが、この世界で暮らすには、目をボタンにしなければならないのだった。