Seele ordena un atac total a NERV, amb l'objectiu de destruir els Evangelions abans que en Gendo pugui activar el Tercer Impacte i la Instrumentalitat sota el seu control.
El científic Zac Hobson experimenta amb una font d'energia de poder extraordinari: un cinturó de força que envoltaria tot el planeta. Però l'experiment resulta malament, envia gairebé la totalitat de la població a una dimensió desconeguda, i el cinturó acaba sense deixar ni rastre dels éssers vius de tot el planeta. Tot i que al principi Zac es desespera pensant que és l'únic home que queda viu sobre la faç de la Terra, aviat localitza algun supervivent més.