第25話「Air」 全ての使徒を倒したNERVに対し、サードインパクト発動を目論むゼーレが戦略自衛隊を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、シンジは戦自隊員に発見され殺されそうになるが、生きる意思を失くしていたシンジは抵抗すらしなかった。それをミサトが寸前で救出するが、移動中に銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して命を落とす。 第26話 「まごころを、君に」シンジを乗せたEVA初号機を依代としてサードインパクトが始まる。これによって人類は個体の生命体としての姿を保てなくなり液化して崩れていき、その魂は「黒き月」に集められる。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人（第2使徒リリス）に取り込まれ、シンジはレイとカヲルに再会する。そこでシンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれの個人がいる従来の世界を望みリリスは首から血を噴き出しながら倒れ崩れ落ちていく。

隅々まで探索されつくした世界に、唯一残された秘境の大穴『アビス』。どこまで続くとも知れない深く巨大なその縦穴には、奇妙奇怪な生物たちが生息し、今の人類では作りえない貴重な遺物が眠っている。「アビス」の不可思議に満ちた姿は人々を魅了し、冒険へと駆り立てた。そうして幾度も大穴に挑戦する冒険者たちは、次第に『探窟家』と呼ばれるようになっていった。アビスの縁に築かれた街『オース』に暮らす孤児のリコは、いつか母のような偉大な探窟家になり、アビスの謎を解き明かすことを夢見ていた。ある日、母・ライザの白笛が発見されたことをきっかけに、アビスの奥深くへ潜ることを決意するリコ。リコに拾われた記憶喪失のロボット・レグも自分の記憶を探しに一緒に行くことを決意する。深界四層でタマウガチの毒に苦しむリコ。リコを救ったのは成れ果てのナナチだった。ナナチを仲間に加え、ボンドルドの待つ深界五層へと三人は冒険を進める。そこで、プルシュカと名乗る女の子に出会い…

看護師アナは夫と暮らすがある朝、怪物のように変貌した隣家の娘に襲われ、夫は命を奪われる。しかも夫は直後、怪物のようになって生き返る。同じころ町では原因不明だが、次々に死者たちがゾンビになってよみがえり、市民を襲っていた。家を後にしたアナは麻薬の売人アンドレなどの生存者たちと出会いながら、あるショッピングモールに到着。モールにはゾンビたちも侵入できず食料も十分だったが、そこもゾンビの群れに襲われる。

死者が蘇り人間を食らう世界。死者の数がもやは手が付けられぬほど増加し絶望的になっていく。フロリダの地下軍事基地でゾンビ研究を行いながら細々と生き残るグループ。ローガン博士はゾンビを飼いならし人間を襲わないよう凶暴性を取り除く実験に光を見出していたが一向に進展しない状況に軍隊グループと次第に軋轢が高まっていく。施設内で実験としてゾンビを飼いならすまともでない実験が軍の指揮官ローズに発覚した事で、張り詰めていた緊張が爆発し軍人たちは研究者を襲撃し格納していたヘリで脱出を始めるが、追い詰めらた彼らはゲートを開けてしまいゾンビがなだれ込んで来る。

５０年続いた大戦に勝利した大亜細亜聯邦共和國。ところが、その繁栄の裏側では様々な病気が人類を脅かしていた。そんな中、重い病に苦しむ妻・ミドリの為に、人間のあらゆる部位を自在に造り出す“新造細胞”理論を提唱していた東博士は、軍部の援助により本格的に研究を開始するが、実験場から新生命体“新造人間”が誕生。大多数は軍によって始末されるも、生き延びたブライキング・ボスら数名の新造人間たちは、生きる為に容易に戦いの道を選んでしまう人類の世界を破壊しようと、攻撃を仕掛けて来た。再びの戦火。それを収めるべく立ち上がったのは、先の大戦で戦死し、新造細胞によって蘇生した東博士の息子・鉄也だった。