「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに2年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は依然謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。
あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。
鉤爪の殺人鬼フレディの悪夢に悩まされた末に、精神病院へ送られた女子高生クリスティン。彼女以外の少年少女たちもフレディの恐怖にさらされていたが、医者は信じようとはしない。そんななか、かつてフレディと戦った過去を持つ夢心理学者ナンシーが現れる
・事件・から一週間、井戸の中から発見された貞子の死体が解剖された。ところが、30年前に殺された筈の彼女の遺体は、解剖の結果、少なくとも死後1年ないし2年しか経っていないことが判明する。すると、貞子は30年近く井戸の中で生きていたことになる! 遺体の身元確認にやってきた貞子の母・志津子の従弟・山村敬は、思わず貞子の怨念のすさまじさに戦慄を覚えるのだった。
幼い息子を死なせて以来、自殺ばかりを考えている解剖医・安藤。ある日、彼は謎の死を遂げた高山竜司の解剖を担当することになった。安藤と竜司は学生時代の同級生だった、竜司の体を解剖した安藤は彼の胃の中から暗号の書かれた紙片を見つける。それは安藤たちが学生時代に流行った遊びで、彼は「DNA PRESENT」という言葉を読み取るのだった。そんな折、玲子が車の事故で息子の陽一と共に死んだという情報が安藤に入っ...