「デジモン」シリーズ劇場版第2弾。デジタルワールドでの冒険から太一たちが帰ってきて半年後。あの冒険が信じられないほど穏やかな日々を送っていた。ところが、ある日インターネット上で不気味なタマゴが誕生し、凶悪なデジモンへと進化、ネットを伝って世界中を混乱に陥れた！ネットの中で暴れまくるデジモンを、太一は倒すことができるのか。

　宇宙世紀0068年、サイド3、ムンゾ自治共和国。 　宇宙に進出した人の革新を説き、地球連邦政府からの完全独立を宣言しようとしたジオン・ズム・ダイクンは、議会檀上で演説中に突如倒れ、帰らぬ人となった。 　ダイクンの死後、ザビ家陰謀説を唱えるダイクンの側近ジンバ・ラル。 　しかし、サイド3、ムンゾの実権を掌握せんとするデギン・ソド・ザビ率いるザビ家の暗躍は加速していく。 　これまで語られる事の無かった動乱の歴史が明らかになる中、ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアには、激動の時代を象徴した数奇な運命が待ち受けていた…。

山田さんは恥ずかしがり屋の高校2年生で、緑委員会のメンバーです。隣のクラスの加瀬は、学校の陸上部のエースである美少女。山田さんが植えたアサガオのおかげで、言葉を交わしたことのない二人の距離が少しずつ縮んでいきます。

魔法と科学の融合により、世界は大きな発展を遂げた。しかし、月面に建設された魔法都市<ソーサリアム>と軌道エレベーター<エンジェル・チェンバー>の利権を求めて起こった大戦争は、世界の歴史をすべて清算してしまった。そして幾星霜。再び復興した人類は、再び同じ歴史を繰り返そうとしている。だが、唯一生き残ったソーサリアムの人々は、人知れず<天使>と呼ばれるエージェントを地上へ派遣し、その歴史を正しい方向へと導こうとしていた・・・