다이도쿠지 히카루의 우주선 포획작전은 실패하고, 우주선은 그대로 남아 오락시설로써 번성해나간다. A코, B코, C코도 평화로운 일상을 보내고 있었다. 어느날, A코와 B코는 K군이라는 남자를 만나 둘다 반해버리고 만다. 한편 C코는 따돌림을 당한다는 생각에 풀이 죽어 있는데...

야나기 쇼우고는 친구와의 약속 장소로 나가지만, 그 곳에서 친구가 살해되는 장면을 목격한다. 위험을 느낀 쇼우고는 친구의 오토바이인 '가란도'를 타고 도망을 치고, 로봇으로 변한 가란도의 도움으로 위기에서 벗어난다. 댄서 지망생인 유이의 집에 가란도를 숨긴 쇼우고는 그녀를 도와 영화 촬영 현장을 살피던 도중 수수께끼의 도시를 발견하는데...

우주세기 0071년, 사이드 3, 문조 자치 공화국을 탈출하고 3년. 지온 줌 다이쿤의 유아인 캐스발, 아르테시아 남매는 짐바 랄과 함께 지구로 도피하여 테아볼로 마스 가에 몸을 의탁하면서 에드와우와 세이라라는 이름으로 평온하게 살고 있었다. 그러나 그들을 쫓는 자비 가 일족의 어둠이 다시 닥쳐오는 것이었다. 그 무렵 사이드 3은 지온 자치 공화국으로 국명을 바꿔 자비 가 일족이 실권을 장악하여 지배 체제를 굳히고 있는 한편, 지구 연방군에 맞서기 위한 신 병기, 모빌 워커의 개발에 착수했다.

거대 우주선은 파괴되어 시티 타워에 쳐박힌채로 사태가 마감되었다. 캡틴들은 우주선을 거대한 유원지로 삼아 돈을 벌며 A코, B코, C코에게 우주선을 수리해달라는 부탁을 한다. 한편, B코의 아버지인 다이도쿠지 히카루는 우주선에 담겨진 고도의 기술을 손에 넣기위한 계략을 세우고 자신을 방해하는 A코를 제거하기 위해 B코가 제작한 거대로봇 '퀸 마르가리타'를 출동시킨다.

우주에서 이변이 벌어지는 징조가 밝혀지자 방위군은 경계태세로 돌입한다. 그리고 얼마후, 거대한 우주전함의 대함대가 지구를 습격한다. 한편 K군은 다이도쿠지 히카루의 계획에 의해 아유미 선생님과 맞선을 보게 되고, A코, B코, C코는 맞선을 훼방놓으려한다. 여러 북새통의 와중에 우주선에서 한 여성이 내려와 C코 앞에 나타난다.