Sonatine speelt zich af in de wereld van Yakuza, de Japanse onderwereld. Hier heeft Murakawa de reputatie een van de hardste en gewelddadigste gangsters van Tokio te zijn. Hij wil gepast afscheid nemen met een laatste eervolle opdracht.

Wanneer een belangrijke gangsterbaas wordt vermoord, krijgt diens sadistische rechterhand Kakihara opdracht de dader op te sporen. Door getuigen aan vreselijke martelingen te onderwerpen, ontdekt Kakihara dat zijn baas werd vermoord door Ichi, een geheimzinnige jongeman die zijn tegenstanders met vlijmscherpe messen in zijn laarzen aan reepjes snijdt.

Als de beeldschone Emu getuige is van een bloedige aanslag op een lid van de Chinese maffia, stelt de dader (de Freeman) zich aan haar voor. Zoals de traditie bepaalt zal zij moeten sterven door zijn hand. Maar als de twee opnieuw oog in oog staan, krijgt de Freeman het niet over zijn hart om haar van het leven te beroven. De triade waar hij voor werkt beschouwt deze actie als verraad en zweert wraak.

Een jonge man genaamd Tatsumi Karasawa duikt plotseling op in de criminele wereld van Shinjuku, Tokio, en wordt de leider van een groep amateurs die geen enkele aarzeling tonen om zowel de politie als bendes onder ogen te zien. Zijn successen in de underground van Tokio zorgen ervoor dat een chef en een yakuza-baas een samenzwering beramen om hem te elimineren.