Pada tahun 1970an, sekelompok tim penjelajah dikirim untuk menelusuri sebuah pulau misterius bernama Skull Island yang terletak di samudera Hindia. Mereka segera menyadari ancaman yang terdapat di pulau tersebut sebab Skull Island adalah rumah dari kera raksasa bernama King Kong yang memiliki kekuatan dahsyat dan kecerdasan yang menyerupai manusia.

Setelah berhasil menyelamatkan nyawa pewaris penting di klan Arashikage, Snake Eyes si petarung tunggal akhirnya diundang ke Jepang oleh klan tersebut. Klan Arashikage dikenal dengan para ninjanya yang telah membawa perdamaian dunia selama 600 tahun lamanya. Maka dari itu, Snake Eyes ditunjuk dan mulai dilatih untuk menjadi bagian dari klan Arashikage dengan kemampuan berpedangnya. Lambat laun, rahasia besar Snake Eyes pada masa lalu pun terungkap, yang tentunya akan berdampak pada kepercayaan dari orang-orang terdekatnya.

Setelah berusaha menjalani kehidupan normal, Logan berusaha membalas kematian pacarnya dengan menjalani program mutan Weapon X dan menjadi Wolverine.