マイク・デイビスは戦場から生き延びて帰還するが、戦場で心の傷を負い、気持ちの晴れない日々を送る。図書館司書となったマイクは歌手志望のジルと出会って恋に落ちる。都会でのレコード・デビューが決まったジルはマイクに二人で街に住もうと告げるが、マイクはその申し出を受け入れることができない。

筒井康隆の小説『時をかける少女』が原作であるが、原作の物語の映画化ではなく、原作の出来事から約20年後を舞台に次世代の登場人物が繰り広げる物語を描く続編である。

戦乱の時代。 明国の武装集団に追われる仔太郎という少年がいた。 逃げこんだ荒寺で仔太郎は、名を捨て刀を封印した不思議な浪人「名無し」と出会う。 赤池の領主と連携をとりながら仔太郎を追ってきた武装集団は、そこで名無しと対峙する。 仔太郎に隠された秘密はあまたの野心を触発し、名無しはのちの宿敵となる男、羅浪と巡り会う。 それぞれの思惑が一気に激流へと変化していく中、果たして仔太郎と名無しの運命は・・・

物語は、広島県広島市舟入本町（現在の広島市中区舟入本町）に住む国民学校2年生の主人公・中岡元（なかおか げん “以下、ゲン”）が、当時日本と交戦していたアメリカ軍により1945年8月6日に投下された原爆で、父・大吉（だいきち）、姉・英子（えいこ）、弟・進次（しんじ）の3人を亡くしながらも、たくましく生きる姿を描く。

西暦2029年。他人の電脳をゴーストハックして人形のように操る国際手配中の凄腕ハッカー、通称「人形使い」が入国したとの情報を受け、公安9課は捜査を開始するが、人形使い本人の正体はつかむことが出来ない。 そんな中、政府御用達である義体メーカー「メガテク・ボディ社」の製造ラインが突如稼動し、女性型の義体を一体作りだした。義体はひとりでに動き出して逃走するが、交通事故に遭い公安9課に運び込まれる。調べてみると、生身の脳が入っていないはずの義体の補助電脳にはゴーストのようなものが宿っていた。

舞台は1923年のドイツ（ワイマール共和国）にあるミュンヘン。この頃のドイツでは、第一次世界大戦敗戦後の、インフレに伴う貧困に喘ぎながら、それでも人々は懸命に生きていた。 アニメ最終話で錬金術世界から現実世界へと飛ばされたエドワードは18歳になり、元の世界に戻る為にロケット工学を研究していたが、先の見えない現実に焦燥していた。その頃、エドの同居人で「自らの手でロケットを作りたい」と夢見るアルフォンス・ハイデリヒは、パトロンを得て念願のロケット製作に着手する。しかしその裏には謎の組織・トゥーレ協会の陰謀が隠されていた。 あるとき、街で行われたカーニバルに来ていたエドワードは一人の女性に出会った。彼女の名は「ノーア」。彼女には、自分が触った相手の心の中や記憶を観る事ができるという不思議な力があった。彼女は「ジプシー」と呼ばれる被差別民族で、自分たちのことは「ロマ」と呼んでいた。そんな彼女と出会ったエドワードは、次第にドイツで起ころうとしている壮大な計画へと巻き込まれてゆく。そしてそれは同時に、錬金術世界の破滅の危機をも意味していた。 一方、アメストリスで13歳に成長したアルフォンスは兄を探す旅に出る。アルはエドとともに旅した4年間の記憶を失くしていたのだった。そして大切な思い出とともに、希望が時に予想だにしない悲劇を引き起こすことになるということも忘れていた。「兄さんに会いたい」その純粋な想いの果てに悲劇が待っているとは知らずに…。 引き裂かれた兄弟、シャンバラを求める者。門の鍵を為す者、様々な人間の思惑と欲望を孕んで物語の幕は再び上がる。

幼い頃にけがをさせてしまったランスロットと、久しぶりに再会を果たしたトリスタン。命の危機に陥った母を救うため、トリスタンは自身の内に渦巻く闇の力に打ち勝てるのか!?

各国の軍事衛星をオリュンポスの管理下に置く事を議題とした国際会議の開催を控え、デュナン達ESWATはテロリストの鎮圧に従事していたが任務中に彼女を庇ったブリアレオスが負傷した。傷心のデュナンの前に、新たなパートナーとしてブリアレオスの遺伝子から創られた生身の彼と同じ顔の戦闘用バイオロイド・テレウスが現れる。やがて国際会議の開催中に、ウェアラブル・インターフェイスの着用者が突然正気を失い破壊活動を行う事件が頻発する。しかしそれは、さらなる大規模なサイバーテロの予兆に過ぎなかった。

イギリス秘密情報部にボンドの番号007が刻まれた黄金の銃弾が届く。それは「黄金銃を持つ男」の異名を持つ素顔が分からない殺し屋フランシスコ・スカラマンガからの抹殺予告の様に見えた。自ら調査に乗り出したボンドはスカラマンガの銃から発射された黄金弾からマカオへ向かい、そこでスカラマンガの美しい愛人、アンドレア・アンダースと出会う。そのうち彼が別の作戦で探していた太陽光エネルギ変換装置「ソレックス・アジテーター」もスカラマンガが所有していることが判明。ソレックスを手に入れたボンドはそれを助手のメアリー・グッドナイトに預けるが、彼女はスカラマンガにさらわれてしまう。グッドナイトを追ってボンドは南シナ海の孤島へ向かう。

香港で健康器具のセールをしている中年男バック。孤児院で育ちいまだ独身のバックの取り柄といえば、小さい頃からやっていたクンフーと、事件を事前に察知する不思議な予知能力。ある日、バックはそれらを武器に銀行強盗を阻止、一躍ヒーローとなった。そんなバックのもとに見知らぬ男が現れ、バックの父が韓国で死の床にふせっていると告げる。さっそく韓国へ飛んだバックを待っていたかのように父パクはいくつかの謎を残して死んでしまう。バックは謎を解明すべく今度はトルコへと向かうが、そこで初めて自分がとんでもない国際的陰謀の渦中に放り込まれていることに気づくのだった……。

1年生のまさやは体が大きいのに泣き虫で、通学路の暗い坂道が怖くてひとりで歩けない。そんなまさやと手をつないで歩いてくれるあきよは、背は小さいけれどしっかり者の2年生。あきよにあこがれるまさやだが、ある日、あきよが涙を流す事件が起きてしまう。