少年時代からいつも一緒にいる一卵性双生児の兄弟、エリオットとビヴァリー。容姿はうり二つだが、性格は兄エリオットが社交的で野心家、弟ビヴァリーが内気な努力家と正反対。兄弟はトロントで婦人科医の医院を営むが、ビヴァリーは診察した女優クレアの子宮が3つに分かれていたので驚く。やがてクレアはエリオットと肉体関係を持つが、クレアはエリオットに双子の弟がいることを知らない。こうして異様な三角関係が生まれる。

FBI捜査官ウィル・グレアムは、連続殺人の捜査のため、精神科医のハンニバル・レクター博士に助言を受けていた。だが、偶然目にしたものからレクターが犯人であると判明、苦闘の末に逮捕する。しかし、これが影響して精神的疲労が募り、現役を引退。今は家族とフロリダで静かに暮らしていた。そんな彼のもとをある日、元上司のジャック・クロフォードが訪れる。彼はウィルに、最近起きた二家族惨殺事件の捜査協力を願い出た。一度は断るウィルだったが、殺された家族の状況を知るうち捜査に加わるようになる。それでもなかなか犯人像を割り出せないウィルは、やむなく拘禁中のレクターのもとへ意見を聞きに出向く。

超能力をビジネスに利用している警備会社コンセックの科学者により、その能力をさらに開発された超能力者のベイル（スティーヴン・ラック）。ベイルの任務は、もう一人のスキャナー、レボック（マイケル・アイアンサイド）の追跡。しかし、驚異的な力で世界をわがものにしようとたくらむレボックは、彼の野望に逆らうスキャナーたちを虐殺し始め……。

密かに極度の強迫性障害を患う、非常に成功した歯科医が、妻の浮気を発見、どん底に落ち、とんでもない行動をおこす。