En aquesta nova aventura, l'Scooby i el seu equip es veuran obligats a refugiar-se en una estranya cafeteria plena de misteriosos personatges, on s'han d'enfrontar a uns extraterrestres al mig del desert.

A la granja Manor, farts dels maltractaments que pateixen els animals per part de granger Jones, es reuneixen en una revolta que exclou als humans: ha nascut la Granja Animal.