弁護士を目指す女子大生のビーは、街角のカフェで出会った金融マンのベンと最高の初デートをするが、ちょっとした行き違いによって燃え上がったはずの恋心が一気に凍りついてしまう。

ニューヨークのセントラルパーク動物園。ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、キリンのメルマン、カバのグロリアは大の仲良し。彼らは安全で快適な動物園の贅沢な暮らしをすっかり満喫していた。しかしある日、外の世界に憧れたマーティがテロリストのペンギンたちと一緒に動物園を脱走、マーティを連れ戻そうと後を追ったアレックスたちともども捕らえられ、ひょんなことから四頭はケニア行きの船に乗せられてしまう。さらに思わぬハプニングで海に投げ出された彼らは、やがてマダガスカル島に漂着。そこで現地の動物たちに迎えられ、生まれて初めて野生の生活に触れた四頭は、次第にそれぞれ本来の習性に目覚めていくのだった。

ラルフ・バクシによる、アニメと実写の合成作品。交通事故のはずみでアニメの世界・クールワールドに迷い込んだ主人公と、その世界の原作者であるもう一人の男。そしてその男が理想の女性像として描いた美女。この三人によって繰り広げられるファンタスティックなラブ・ストーリー。