El passat de Jason Bourne torna per ell. A la segona entrega de la saga de tres pel·lícules basades en la vida de Jason Bourne, un exagent de la CIA que perd la memòria i mentre lluita per recuperar-la i aconseguir saber qui és en realitat, es veu involucrat en una xarxa d'espionatge i manipulació de governs per part dels Estats Units on serà perseguit per assassins professionals, mercenaris paramilitars, i excompanys de la CIA. La pel·lícula comença a Goa, Índia, on Jason i Marie se n'han anat a viure per amagar-se de Treadstone, però allà un antic agent de la companyia els localitza i persegueix. Jason Bourne comença la seva aventura per descobrir el seu passat recordant-ne part, i perseguint l'agent, que a més s'està fent passar per ell.

Earl Brooks (Kevin Costner), un brillant home de negocis que porta una vida aparentment tranquil·la, és en realitat un assassí en sèrie. Brooks s'esforça per reprimir els seus instints homicides, però el seu alter ego (William Hurt) ho impedeix. Una dura i tenaç detectiu (Demi Moore) capta l'atenció del misteriós assassí que persegueix.

La coneguda història del tinent Bligh, la crueltat del qual condueix a un motí al seu vaixell. Aquesta versió segueix els esforços tant de Fletcher Christian per portar els seus homes més enllà de l'abast de la flota britànica, i l'èpic viatge del tinent Bligh per arribar amb els que es mantenen lleials a Timor Oriental en un petit bot salvavides.