ローズとクリストファーは、娘・シャロンの奇妙な言動に悩んでいた。ローズは、しばしば情緒不安定に陥り、何かに取り憑かれたかのように「サイレントヒル…」と謎のうめき声を発する娘に心を痛め、サイレントヒルという街が実在することを知り、治療のためにシャロンを連れてそこを訪ねることにする。しかし、サイレントヒルは30年前の大火によって多数の人々が死亡した忌まわしい場所であり、今では誰も近付かない廃墟と化した街であった。途中、女児誘拐犯と勘違いされて女性警官に追われるものの、二人とも帰り道が突如切れ無くなった街に取り残され、シャロンも後部座席から消えており、捜索、他の住人への聞き取りなど進めていくが不思議な現象に巻き込まれてゆく。

テキサス州。ロイは幼なじみのルーカスと、あるカルト教団の施設に押し入り、自分の8歳の息子アルトンの身柄を奪うと車に乗せて、州外に逃亡。アルトンの目には人間離れしたある能力があり、そのために目はゴーグルで隠されていた。NSA（米国家安全保障局）のセビエやFBIのミラー捜査官がロイたちの捜索を開始し、アルトンの確保が国家的重要事項に発展する一方、ロイはアルトンが語る言葉からある座標が示す地点を目指す。

物語の舞台はネブラスカ州の小さな田舎町。 ある日、一人の少年に突如トウモロコシの神が舞い降り、彼は教祖となった。 そして、町の子どもたちが一斉に＜大人狩り＞を始めた…。