Shang-Chi viu a San Francisco on treballa d'aparcador de cotxes i un grup d'assassins li treu un penjoll que li va regalar la seva mare quan era més jove. Shang-Chi i la seva millor amiga Katy abandonen la seguretat de casa seva i viatgen a Macau, per advertir la germana de Shang-Chi, Xialing, del perill que plana sobre ella.

Dues amigues no acaben de trobar el seu lloc al món. Després d'una etapa adolescent en la qual van passar per l'institut totalment desapercebudes, afronten el pas a l'edat adulta de la mateixa manera: la seva existència la marquen feines d'escàs interès i relacions amb nois iguals que elles.

Després d'haver estat contaminades amb una misteriosa substància química, anomenada Ooze, quatre tortugues que viuen a les clavegueres de Nova York es transformen i muten, de sobte, en grans tortugues. Ara poden parlar i caminar com un ésser humà. Entrenades per una vella però sàvia rata (el Mestre Estellicó) les quatre tortugues, Leonardo, Michaelangelo, Donatello i Rafael, aprendran tècniques ninja per enfrontar-se als criminals més perillosos. Els seus enemics són els membres d'una secta anomenada "El clan del peu", liderada per l'Esquarterador, que vol esdevenir l'amo del món.

Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…

Una actriu de renom, atrapada en el personatge que interpreta, haurà d’enfrontar-se als seus fantasmes familiars i religiosos per trobar un sentit a la seva existència.