Després de la ruptura d'un acord mil·lenari entre la humanitat i els poders invisibles d'un món fantàstic, l'infern a la Terra està cada vegada més a prop. Un líder despietat, que es maneja tant en el món dels humans com en el de les criatures, decideix trair als seus ancestres, i desperta a un exèrcit imparable de criatures diabòliques. Ara, en aquest moment de debilitat, el superheroi més dur haurà de combatre contra l'imparable líder i el seu exèrcit. És vermell, calent i incomprès… és Hellboy (Rom Perlman). Al costat del seu equip habitual de l'Agència d'Investigació i Defensa Paranormal, la piroquinética Liz Sherman (Selma Blair) i l'amfibi Aparti Sapien (Doug Jones), i comptant aquesta vegada amb el protoplásmico i místic Johann Kraus, Hellboy viatjarà entre els dos mons, fent front a les versions corpòries dels éssers invocats des del món de fantasia. Hellboy, que pertany als dos mons, haurà d'elegir entre la vida que coneix i el desconegut destí que li reclama.

Corre l'any 1971 i la tensió social a Irlanda del Nord està escalant cap a una situació gairebé de guerra civil. Després d'un motí i un enfrontament molt violent entre veïns d'un barri i l'exèrcit, un jove soldat britànic amb poca experiència, Gary, es perd als perillosos carrers de Belfast, on el conflicte de l'IRA està en plena ebullició, i on patrullen unitats paramilitars i bandes radicals de carrer.