北ドイツ、カリガリ博士は眠り男ツェザーレの予言を看板にした見世物をカーニバルに出している。友人アランを連れ、その小屋を覗いたフランシス。友人は調子にのって自分がいつまで生きられるかを眠り男に尋ねるが、答えは“ 明日の朝まで！”。本当に彼は翌日には殺されており、フランシスは疑惑究明に乗り出すが……。

フランスの田舎町に暮らす夢見がちな少女ベルは、捕らえられた発明家の父を救出しに行った森の中の古城で、恐ろしい姿をした野獣と対面する。野獣はかつてわがままな王子だったが、魔法によって姿を変えられ、21歳の誕生日までに誰かを愛さなければ元の姿に戻れないという呪いをかけられていた。いつしか惹かれ合うベルと野獣だったが、一方、ベルに想いを寄せる乱暴者ガストンが野獣を倒すため森の城に向かっていた。

2035年、人類は謎のウイルスによって99％を失い、絶滅寸前に陥っていた。その原因を探るべく、受刑者のジェームズがタイムトラベルの実験台にされ、過去の世界へと送られる。手掛かりとなるのは“12モンキーズ”という謎めいた言葉だけ。まずウイルスが発生する6年前、1990年にたどり着いたジェームズだが、警察に逮捕され、心の病を治す施設に送られてしまう。彼はそこで、ジェフリーという男に出会う。

天才科学者で富豪のエイドリアン(オリヴァー・ジャクソン=コーエン)の恋人セシリア(エリザベス・モス)は、彼に支配される毎日を送っていた。ある日、一緒に暮らす豪邸から逃げ出し、幼なじみのジェームズ(オルディス・ホッジ)の家に身を隠す。やがてエイドリアンの兄で財産を管理するトム(マイケル・ドーマン)から、彼がセシリアの逃亡にショックを受けて自殺したと告げられるが、彼女はそれを信じられなかった。

鉤爪の殺人鬼フレディの悪夢に悩まされた末に、精神病院へ送られた女子高生クリスティン。彼女以外の少年少女たちもフレディの恐怖にさらされていたが、医者は信じようとはしない。そんななか、かつてフレディと戦った過去を持つ夢心理学者ナンシーが現れる

前作の事件の後、カースティーは精神病院に入院していた。カースティーは自分の体験を話すが、誰も取り合わない。そんな中、彼女は夢か現実か父らしき人物が助けを求めるのを見る。一方、病院の院長チャナードは以前からパズルボックスの研究をしており、口実を設け警察から事件現場のマットレスを手に入れる。彼は病院の患者を犠牲にし、マットレスからジュリアを復活させることに成功する。さらにはパズルマニアの少女ティファニーを使って、自らを犠牲にすることなく魔道士（セノバイト）を呼び出そうとする。

1876年。英国貴族のレオポルド公爵は、政略結婚の花嫁選びのためNYへ。不審な男を見つけた彼は、後を追ううちに現代へタイムスリップする。男は天才科学者スチュアートで、過去へ旅する方法を見つけたという。次のタイムトラベルが可能になるまでの1週間、スチュアートのアパートに滞在することになったレオポルド公爵は階下に住むキャリアウーマン、ケイトと知り合うが、彼女は浮き世離れした彼を売れない俳優と思い込む。

架空の未来都市チャンピオン・シティ。ここに暮らす3人のダメ人間、ミスター・フューリアス、ブルー王子、シャベラーは、スーパーヒーロー・キャプテン・アメージングに憧れ、彼のようになることを夢みて活動していた。しかし、そのキャプテン・アメージングの実体は、商業主義にどっぷり漬かった最低の俗物だった。そんなある日、キャプテン・アメージングが世紀の大悪党カサノバに拉致されてしまう。それを知った3人はカサノバの魔の手から街を守るべく立ちあがる。