Forestil dig, at den virkelige verden slet ikke er virkelig, men en gigantisk computer-genereret drøm! Hvad nu, hvis du tror, at du befinder dig i det 20. Århundrede, men i virkeligheden er i det 22. Århundrede? Og hvad nu, hvis du en dag vågner op af denne drøm, til en verden overtaget af maskiner, der for at bevare magten tapper energi fra din krop? Hvad er sandheden? Og når den finder dig, tør du så tro på den?

Neo, Morpheus og Trinity kæmper for at redde Zion, den sidste by på Jorden, fra Maskinerne. Men Neo er fanget et sted mellem den virkelige verden og Maskinernes verden – og han har brug for hjælp.