Perahu Kertas mengisahkan pasang surut hubungan dua anak manusia, yaitu Kugy (Maudy Ayunda) dan Keenan (Adipati Dolken). Kugy adalah seorang gadis tomboy, periang, dan yang percaya bahwa dirinya adalah agen Dewa Neptunus. Kugy selalu memiliki "ritual" unik, yaitu menulis setiap curahan hatinya ke selembar kertas, yang lalu dibuatnya menjadi perahu untuk kemudian dihanyutkan ke air. Meskipun sekilas dia gadis periang yang slenge'an, namun dia memiliki pandangan hidup yang cenderung filosofis.

Seorang tukang pukul bernama Ito (Joe Taslim) kembali ke keluarga kriminalnya di Jakarta setelah bekerja dengan sebuah Triad Asia Tenggara yang kejam. Dia terperangkap dalam sebuah intrik pengkhianatan dan kekacauan saat Triad tersebut memulai sebuah kampanye berdarah untuk ekspansi teritorial mereka.

Toni (Ernest Prakasa), Aghi (Ardit Erwandha), Bubu (Tatjana Saphira) dan Saras (Indah Permatasari) adalah anak anak orang kaya yang dimusuhi anak anak di SMU sekolahnya. Karena dibanding yang lain mereka selalu merasa sok jago dan songong.

500 tahun yang lalu, di Larantuka, Flores, Indonesia; sebuah patung ditemukan terdampar di tepi pantai. Ini adalah titik awal penyebaran agama Katolik di Larantuka. Misionaris Katolik yang datang beberapa tahun kemudian menyatakan bahwa inilah patung Bunda Maria. Sejak itulah dipercaya bahwa Bunda Maria adalah misionaris pertama di Larantuka. Patung yang kemudian disebut Tuan Ma ini dipercaya sebagai Bunda mereka sekaligus pelindung kota. Di Larantuka, umat Katolik melangsungkan sebuah prosesi bernuansa Portugal setiap Paskah. Proses ini telah berlangsung selama berabad-abad dan diikuti ribuan umat. Ritual devosi dan liturgi tersebut tetap setia dijalankan hingga sekarang.