도시에서 시골 친척집으로 이사온 후 지루한 일상을 보내던 소녀 메리는 어느 날, 길 잃은 고양이를 따라갔다가 신비로운 숲을 발견한다. 그 곳에서 7년에 한 번 밖에 피지 않는 비밀스러운 마녀의 꽃 '야간비행'과 마법으로 봉인된 낡은 빗자루를 발견하는 메리. '야간비행'을 통해 메리는 마법의 힘을 얻고, 낯선 마법세계에 도착한다. 그러나 마녀의 꽃 '야간비행'의 비밀이 서서히 드러나면서 메리는 위기에 처하게 되는데... 평범한 소녀 메리의 환상적인 모험 가슴 뛰는 마법이 시작된다!

히말라야 정상, 가려진 구름 위에서 살아가는 빅풋 설인들의 마을. 마을의 아버지로 불리는 ‘스톤키퍼’로부터 징울리기의 임무를 부여 받은 ‘미고’는 우연히 인간과 마주하여 신화인 줄만 알았던 스몰풋의 정체를 목격한다. 스몰풋을 목격했다는 미고의 말에 스톤키퍼는 사실에 위배되는 말이라며 그를 저지하고 추방하기까지 이른다. 비록 마을 사람들이 믿어주지 않았지만, 스몰풋 증거 수색단인 S.E.S의 응원 속에 스몰풋의 존재를 입증하고자 인간 세상으로 가게 된 미고는 유튜버인 ‘퍼시’를 만나게 되는데…

동생 괴롭히기 신공을 펼치는 로드릭(데본 보스틱)과 개구쟁이 동생 사이에 끼여 동네북 신세인 그렉(재커리 고든)에게 뜻밖의 희망이 찾아온다. 새 학기가 시작되면서 퀸카 홀리가 전학을 온 것이다. 그렉은 감히 꿈도 꾸지 말라는 로드릭의 악담에도 불구하고 용기를 내기로 하는데, 그런 마음을 아는지 홀리가 만나자는 쪽지를 보내온다. 하지만 그 쪽지는 친구 쉬라그의 장난으로 밝혀지고, 그렉은 친구들 앞에서 망신을 당한다. 며칠 뒤, 그렉은 거짓말이 발각되어 로드릭과 함께 할아버지가 계신 양로원으로 쫓겨났다가 그곳에서 홀리를 만난다. 홀리와 즐거운 시간을 보낸 그렉은 드디어 그녀를 독차지했다는 내용의 일기를 쓴다. 그런데 그 일기가 발단이 되어 그렉은 홀리 앞에서 낯뜨거운 굴욕을 겪는데...